En 1939 fue trasladado a una prisión en Bólshevo en las cercanías de Moscú, en una sharashka (campo especial), donde también estaban encarcelados varios de sus colegas.
En prisión, se le suministró lo necesario para «prestar servicios a la Madre patria en peligro», principalmente servicios de ingeniería mecánica y aeronáutica.
Andréi murió en Moscú por muerte natural al lado de su nieto Steffánov Túpolev, hijo de su hijo Alekséi Túpolev.
Actualmente Steffánov Túpolev es un piloto de pruebas y diseñador del Tu-334 y del Tu-414, al igual que el avión de carga Tupolev Tu-330.
Nota: Las fechas dobles indican en primer lugar la fecha según el calendario juliano en vigor hasta la Revolución de Octubre (1917) y en segundo lugar, la fecha según el calendario gregoriano, utilizado en los países occidentales desde los siglos XVI / XVIII.