Se formó en la cantera del Real Zaragoza, club con el que debutó en febrero de 2009.

En 2011 fichó por el Athletic Club, que pagó 11 millones de € entre fijo y variables.

[2]​[3]​ Nacido en Bilbao, pasó los primeros años de su vida en Vigo donde su padre, Pedro Herrera Sancristóbal, trabajaba como secretario técnico del Celta.

[7]​ En el año 2005, volvió a proclamarse campeón de España con el Real Zaragoza, esta vez en categoría cadete.

Durante la temporada, fue alternando entrenamientos con el primer equipo del Real Zaragoza a las órdenes de Marcelino García Toral.

[14]​ Finalmente, el equipo logró el ascenso a la Primera División en la penúltima jornada del campeonato.

[24]​ Tres días después, marcó su primer gol en Primera División como rojiblanco ante el FC Barcelona (2-2).

Ander tuvo problemas para ganarse un hueco en el equipo, llegando a quedarse en varias ocasiones sin jugar.

[37]​ Desde finales de noviembre, se consolidó como titular jugando como mediapunta dando un gran rendimiento al anotar cinco goles y repartir seis asistencias.

[41]​ El 16 de agosto debutó como titular en Premier League en la derrota ante el Swansea City (1-2) en Old Trafford.

[44]​ En la temporada 2015-16 se produjo su debut, con gol incluido, en Liga de Campeones ante el Club Brugge (0-4).

[48]​ El entrenador portugués, que al principio apostó por Fellaini, terminó por situar a Herrera en una posición más retrasada en el centro del campo, donde se consolidó como titular indiscutible.

[52]​[53]​ En ese mismo encuentro realizó un marcaje individual a Eden Hazard, que fue muy alabado por la prensa inglesa.

Además, fue reconocido con el premio al Jugador del Año 2016-17 Sir Matt Busby merced a sus once asistencias.

[63]​ En la campaña 2018-19 tuvo diversos problemas físicos, por lo que no pudo jugar demasiado a las órdenes de su nuevo técnico Ole Gunnar Solskjær.

[64]​ Al término de la temporada, el centrocampista no renovó su contrato con el club red.

[70]​ Una semana después se lesionó en la pierna derecha, poco antes del parón por la pandemia de coronavirus.

[78]​ En marzo de 2022 sufrió una infección ocular, que le tuvo varias semanas sin jugar.

[84]​[85]​[86]​El 17 de septiembre redebutó como rojiblanco, en San Mamés, en un triunfo ante el Rayo Vallecano (3-2) sustituyendo a Oihan Sancet.

[113]​[114]​ En dicho encuentro sufrió una lesión muscular de grado II en su pierna derecha que lo alejaría aproximadamente tres semanas del campo.

Además, está emparentado con Graciano San Cristóbal (era hermano de su bisabuelo) que fue jugador del Athletic Club en 1929.