Llegando a este punto se activa el complejo promtor de la anafase (CPA), se finaliza la metafase al desactivarse la ciclina necesaria para su funcionamiento (ciclinas dependientes de quinasa M-CDK).
La separasa puede entonces cortar la cohesina, proteína responsable de mantener las dos cromátidas unidas, y es el punto en el que se considera empezada la anafase.
Durante la anafase temprana las cromátidas se separan al acortarse los microtúbulos y gracias a los cinetocoros.
Las parejas de cromosomas homólogos o bivalentes en que no existan quiasmas o sean sólo terminales, se separan simplemente, pero si existen quiasmas intersticiales, estos se deslizan hacia los extremos cromosómicos.
Los centrómeros paterno y materno se distribuyen al azar a los dos polos del huso acromático.