[5]​ Tras las buenas actuaciones que ofreció en la primera parte del campeonato, el 20 de enero de 2020 fue comprado por el Napoli, que contextualmente lo dejó cedido al Hellas Verona hasta el 30 de junio del mismo año;[6]​ Rrahmani confirmó su rendimiento también en la segunda parte de la temporada, resultando ser el jugador que más balones recuperó en la Serie A italiana.

[7]​ El año siguiente se incorporó a la plantilla del Napoli, aunque, debido a la competencia[8]​[9]​ y a la indisponibilidad por la COVID-19,[10]​[11]​ no debutó con los azzurri hasta el 3 de enero de 2021, en la final de la victoria por 1-4 contra el Cagliari.

[12]​ En la segunda mitad de la temporada encontró más espacio como titular en la defensa de napolitana, debido a lesiones de sus compañeros,[13]​[14]​ incluso marcando su primer gol en la Serie A en el empate a uno contra su antiguo equipo, el Hellas Verona, en la última jornada.

[15]​ La temporada siguiente, con Luciano Spalletti en el banquillo, Rrahmani fue promovido como titular en lugar de Kostas Manolas junto a Kalidou Koulibaly.

Tras haber disputado solamente dos partidos amistosos, finalmente el 5 de septiembre de 2016 volvió a jugar para Kosovo, haciendo ya debut en partido oficial para la clasificación del Mundial de 2018 contra Finlandia, partido que finalizó con empate a uno y del cual disputó los 90 minutos.