En 1979 Ayalón fue nombrado comandante del Shayetet 13 y recibió una nueva condecoración, esta vez, por dirigir una larga serie de operaciones militares sin pérdidas humanas.

El 14 de noviembre de 2003, Ami Ayalón y otros tres exdirectores del Shin Bet (Avraham Shalom, Yaakov Peri y Carmi Gillon) publicaron una entrevista en la revista Yedioth Ahronoth basada en correos de Ayalon y Nusseibeh.

Los tres advirtieron por medio de los periodistas Alex Fishman y Sima Kadmon que la situación del país se agravaba y se necesitaba enseguida un acuerdo con Palestina.

Aunque la iniciativa fue muy apreciada, en numerosos sitios solo publicaron partes del discurso.

Ha sido también presidente de la comisión del control estatal y responsable de la vigilancia sobre el respeto institucional impartido por el parlamento durante la guerra del Líbano.