En 1883 se convirtió en profesor asistente en el Liceo Saint-Louis, y luego entró a la Escuela Normal Superior de París dos años más tarde.
Recibió su licenciatura en Ciencias naturales en 1889 y se convirtió en instructor de botánica en la Escuela Normal Superior, entre 1889 y 1892.
Recibió su doctorado en 1892, y se convirtió rápidamente en bibliotecario siempre en la misma escuela.
En abril de 1894, se casó con Irma Le Corbeiller, unión que tuvo tres hijos.
Matruchot también se interesó en la historia, y dirigió la revista Pro Alesia, revue mensuelle des fouilles d'Alise.