Como Thorton es un agente de la CIA entrenado, las herramientas que dispone el jugador incluyen numerosas armas de fuego, combate mano a mano utilizando la técnica Kempo y diferentes artilugios del espionaje.

Estos puntos se pueden colocar en cualquiera de las diez habilidades diferentes que dispone Thorton.

Las conversaciones se producen en tiempo real, dando al jugador una cantidad limitada de tiempo para responder en momentos clave durante el diálogo (a diferencia de juegos como la trilogía Mass Effect, en el que el tiempo se detiene en las decisiones en conversación).

Durante las secuencias de diálogo, el jugador es capaz de elegir entre actitudes como "profesional" (Jason Bourne), "suave" o "irónico" (James Bond), y "agresivo" (Jack Bauer), a veces con una breve descripción en la opción del diálogo (como "sarcástico").

El agente Thorton puede utilizar pisos francos en cada ciudad con el fin de pasar desapercibido entre misiones.

Los pisos francos están ubicados en las ciudades de Roma, Moscú, Taipéi y Arabia Saudita.

Las pistolas (que provocan daños leves, pero poseen mayor precisión) y los rifles de asalto son las dos únicas clases que permiten hacer tiros de precisión, y solo las pistolas pueden ser equipadas por un silenciador.

Las escopetas y metralletas son buenos a corta distancia; mientras que el jugador puede cargar la escopeta para efectuar un disparo crítico para derribar a un enemigo, con la metralleta puede multiplicar el daño efectuado disparando consecutivamente al mismo objetivo sin interrupción (un multiplicador aparece en pantalla indicando el daño).

La función principal de la armadura es proporcionar mayor resistencia a los golpes para Thorton e incluso algunos poseen autocuración, pero algunos trajes pueden ser personalizados para ser efectivos en sigilo o aumentar la cantidad de artilugios que Thorton puede llevar en su inventario.

Después de capturar Shaheed (quien Thorton puede, o bien ejecutar o liberar) según el líder terrorista Halbech, un contratista de defensa, le vendió los misiles y le dio toda la información necesaria para llevar a cabo el ataque.