El videojuego fue blanco de diferentes críticas por su elevado contenido violento y gore mostrado en algunos niveles.

[2]​ Similar fue el caso dado en Alemania, donde tampoco se comercializó inicialmente debido al contenido explícito del videojuego.

Siguiendo la estela de su predecesor, las 3 historias se entrelazan creando un ciclo en el que las diversas tramas llevan a un mismo final.

El Espécimen 6 crece y muestra sus capacidades como xenomorfo adulto durante el tutorial, pero su reina, la Matriarca (denominada así por su avanzada edad, supuestamente varios miles de años), le ordena escapar pero sus intentos son fallidos ya que es recapturado y Groves le advierte que no lo intente de nuevo, mientras tanto Weyland abre una antigua pirámide bajo el laboratorio y su apertura causa un pulso electromagnético que desactiva todos los circuitos eléctricos del lugar, liberando a 6.

Ya en la selva, El Novato se encuentra con una nueva clase de xenomorfo que ataca a distancia escupiendo ácido.

Las escenas más crudas, como arrancar las cabezas, eran muy importantes para la licencia y para crear miedo entre los Marines en la campaña de un sólo jugador.