Mediante una fórmula matemática, Lee calculó la capacidad craneal a partir de las medidas anatómicas, demostrando que no había correlación entre el tamaño del cráneo y la inteligencia.
Dado que no hubo refutaciones significativas, el trabajo de Lee pronto fue aceptado por la comunidad científica.
En dos ocasiones se negó a aparecer como coautora de un artículo publicado por Pearson, argumentando que solo había hecho aritmética.
Alice Lee fue una de las pioneras que contribuyó a refutar la craneometría, teoría cuya validez científica ya se había comenzado a cuestionar en el siglo XIX y que fue totalmente desacreditada mediante datos empíricos en la primera década del siglo XX.
El golpe definitivo llegó en 1909 cuando el anatomista Franklin P. Mall publicó en el American Journal of Anatomy su estudio «On several anatomical characters of the human brain, said to vary according to race and sex, with especial reference to the weight of the frontal lobe» («Sobre varios caracteres anatómicos del cerebro humano, que varían según la raza y el sexo, con especial referencia al peso del lóbulo frontal»).