[1]​ Sus memorias, Travels into Bokhara, fueron un éxito de ventas cuando se publicaron por primera vez en 1835.

Sintiendo que los dos imperios colisionarían en Afganistán, el gobierno británico necesitaba labores de inteligencia y envió a Burnes para conseguirla.

Su propuesta en 1829 de emprender un viaje de exploración a través del valle del río Indo fue aprobada y en 1831 sus estudios y los de Henry Pottinger del río Indo prepararían el camino para un futuro asalto al Sindh para despejar un camino hacia Asia Central.

[4]​ Ese mismo año llegó a Lahore con un presente de unos caballos del rey Guillermo IV al maharajá Ranjit Singh.

Los británicos afirmaban que los caballos no sobrevivirían a un viaje por tierra, por lo que se les permitió transportar los caballos por el Indo y aprovecharon la oportunidad para inspeccionar secretamente el río.

Al hacer esto, Burnes desarrolló vínculos estrechos con los líderes y gobernadores locales en ciudades a lo largo del Indo.

Tras la restauración de Shah Shuja en 1839, Burnes se convirtió en agente político habitual en Kabul.

Un relato de sus trabajos posteriores se publicó en 1842 con el título de Cabool: A Personal Narrative of a Journey to, and Residence in that City, in the Years 1836, 7, and 8.

[13]​ Al mismo tiempo, un gran número de oficiales británicos, sus esposas, hijos y personal, se habían trasladado a Kabul debido a las temperaturas favorables, habiendo estado previamente estacionados en las llanuras cálidas y secas del Hindustan.

Confiado en que podría resolver cualquier problema potencial, Burnes decidió quedarse en Kabul en contra del consejo de su amigo.

Esa noche, un pequeño grupo de hombres comenzó a movilizar una turba por la ciudad.

Según se informó, la asistencia del ejército británico se retrasó debido a una serie de discusiones internas entre los oficiales superiores allí sobre la mejor manera de responder a la amenaza.

[14]​ La situación con los alborotadores continuó deteriorándose cuando prendieron fuego a los establos del complejo.