Baldonado pasó el año siguiente con los Savannah Sand Gnats Single-A, trabajando con una excelente efectividad de 1.91 con 74 ponches en 56.2 entradas lanzadas en 38 apariciones.

Lucie y los Double-A Binghamton Mets, registrando una efectividad acumulada de 3.77 con 68 ponches en 47 apariciones totales.

En 2017, Baldonado jugó para los Binghamton Rumble Ponies Doble-A y Las Vegas 51s Triple-A, acumulando efectividad de 4.80 en 50 apariciones entre las dos filiales.

Comenzó la temporada 2021 con los Harrisburg Senators Doble-A, progresando luego a los Rochester Red Wings Triple-A.

[12]​En 2022, Baldonado hizo 56 apariciones para Triple-A Rochester, registrando una efectividad de 3.84 con 81 ponches y 3 salvamentos .63 1⁄3 entradas lanzadas.

[16]​ Baldonado fue seleccionado para representar a Panamá en la clasificación al Clásico Mundial de Béisbol 2023.