Originalmente fue fundada por el gobierno de Burkina, Air France y participación minoritaria.

[2]​ Adquirió su primera aeronave, un Embraer EMB-110 Bandeirante, en 1978, y añadió un segundo avión, un Fokker F28, en 1983.

La aerolínea ha tenido importantes problemas financieros, alcanzando en 1992 una deuda próxima a 1.500.000 €.

Como resultado del conflicto, el director general de Air Burkina se vio obligado a dimitir.

La compañía trabaja codo con codo con Compagnie Aerienne du Mali de Bamako, y comparte códigos compartidos en varias rutas.