Agustín Villar debutó como futbolista profesional en 2002 con el Real Valladolid CF, equipo en el que permaneció durante dos temporadas.
En 2004 fichó por la UD Vecindario durante otras dos temporadas, siendo traspasado en 2006 al CD Guijuelo.
[2] En 2007 fichó por el Zamora CF, club con el que portó el brazalete de capitán los últimos años en los que Agustín permaneció en el equipo.
En 2012 Agustín se vio forzado a su retirada como futbolista tras diagnosticársele un cáncer testicular en enero.
[1] Desde el verano de 2014, se celebra anualmente el Torneo Memorial Agustín Villar.