Más tarde se desempeñó como secretario del comité clandestino bolchevique armenio.
Después de graduarse, trabajó como funcionario del partido en Leningrado, donde apoyó a José Stalin contra el jefe del partido de la ciudad, Grigori Zinóviev.
[2][3] Janchian también intentó sin éxito que Moscú anexara Nagorno-Karabaj a Armenia.
Stalin lo respaldó,[9] pero una «historia mucho más plausible», según el historiador ruso Roy Medvedev, es la que Alexander Shelepin, presidente de la KGB, contó en el 22º Congreso del Partido Comunista en 1961: que Beria mató a tiros a Janjian y se guardó en el bolsillo dos notas de suicidio falsificadas.
[10] Junto con toda una generación de líderes intelectuales comunistas armenios (como Vagarshak Ter-Vaganyan), Janchian fue denunciado como enemigo del pueblo durante la Gran Purga.