Posteriormente se integró con el Laboratorio territorial de Barcelona del Departamento de Salud, creándose la Agencia formalmente el 2002.

Puede prestar aquellos servicios externos que le sean encomendados por otros siempre que sean congruentes con sus funciones, cobrándoles de acuerdo con unos precios públicos.

Ha mantenido actividad de investigación aplicada a la práctica de salud pública, y contribuye a la docencia en este campo.

El Ayuntamiento concentró en la Agencia sus servicios y responsabilidades de salud pública, y la Ley 18/2009 de salud pública y varios textos legales previos han atribuido a la Agencia la responsabilidad de los servicios de salud pública que al resto de Cataluña ejercen los servicios autonómicos.

Por todo esto, la Agencia se configura como ventanilla única de la salud pública a la ciudad, resolviendo así la duplicidad de funciones y la concurrencia competencial que solía producirse previamente.