Con sus oficinas centrales en Atenas, opera vuelos regulares desde Atenas y Tesalónica a otras ciudades importantes de Grecia, como así también a algunos destinos dentro de Europa (sobre todo Alemania).

Tras ser adquirida por el Vasilakis Group en 1994, Aegean Aviation inició vuelos VIP desde Atenas hacia el mundo con una aeronave Learjet propia.

Sus primeros vuelos comerciales fueron desde Atenas a Heraklion, Creta y Tesalónica (Macedonia), con 2 nuevas aeronaves propias, BAe 146 (Avro RJ100).

[5]​ A partir de 2005, la aerolínea tiene un acuerdo con Lufthansa, mediante el cual ofrece participación en el programa Miles & More.

La aerolínea es propiedad de: Laskaridis Group (25,3%), Temprano Family Group (45,2%), B. Konstantakopoulos (8,3%), D. Ioannou (8,1%), G. David (6,3%) y Piraeus Bank (5,9%) y cuenta con 1.609 empleados (a marzo de 2007).