[1]​[2]​ En 2006 llamó la atención del exciclista estadounidense Jonathan Boyer, que se había desplazado al país por negocios.

Boyer se convirtió en el entrenador de la selección (Team Rwanda) e incorporó a Niyonshuti al equipo ruandés.

Esos resultados le llevaron a fichar para 2009 por el equipo profesional sudafricano del MTN Cycling, de categoría Continental, que se convirtió así en su primera escuadra profesional.

Ese año, con su participación en el Tour de Irlanda, se convirtió en el primer ciclista ruandés que tomaba la salida en una carrera profesional europea.

[3]​ En 2016 volvió a participar en los Juegos Olímpicos, esta vez en la prueba en ruta, aunque no logró acabar la carrera 2008 2010 2011 2012 2016 2017