El problema base es que mientras que las instancias de objetos se referencian unas a otras formando un grafo (en el sentido matemático, con bucles y ciclos), los esquemas relacionales son tablas basadas en álgebra relacional que se enlazan con otras tuplas heterogéneas agrupando sus campos en filas con distintos tipos de datos.
Sin embargo, en el modelo relacional esto el acceso se controla mediante vistas (views) que dan distinta perspectiva y restricciones.
Un mapeo adecuado entre conceptos relacional y orientado a objetos requeriría establecer relaciones entre tablas de la base de datos y asociaciones del análisis orientado a objetos.
A veces las restricciones de un lenguaje OO no tienen fácil representación en el modelo relacional, pero es que además a veces se declaran implícitamente con el uso de excepciones en el código que manipula los datos internos.
El manejo de transacciones y concurrencia también suele presentar diferencias entre las dos aproximaciones.