En el recinto se pueden apreciar los ecosistemas de cinco grandes cuencas hidrográficas:[3] En el centro del pabellón se encuentra el Río del Mundo, que representa al pasado, Pangea, y alberga una mezcla de especies fluviales.
Debido a su gran éxito durante la Expo 2008 se decidió que cuando esta acabara el 14 de septiembre de 2008 el acuario seguiría abierto indefinidamente.
Actualmente las actividades de buceo recreativo en el acuario de Zaragoza están gestionadas por la empresa Arasub, clasificado como PADI 5Star IDC.
Además, organiza colonias infantiles durante el periodo vacacional de verano.
El acuario recibe la visita de unos 15.000 estudiantes a lo largo del año.