Con sede en Tallin, la academia opera como una entidad independiente, integrada por un grupo selecto de científicos de renombre, cuya misión principal es fomentar el desarrollo de la investigación, impulsar la cooperación científica a nivel internacional y difundir el conocimiento al público general.
En marzo de 2017, la academia contaba con 77 miembros activos y 20 miembros extranjeros, lo que subraya su relevancia como foro de interacción y colaboración científica.
En ese entonces, la academia no solo supervisaba una biblioteca central, sino que también contaba con cuatro divisiones que albergaban 15 institutos de investigación, además de otras sociedades científicas y museos, lo que la convertía en un centro de referencia para el conocimiento científico en la región.
Desde entonces, ha seguido desempeñando un papel fundamental en el desarrollo de la ciencia en Estonia, actuando como puente entre la comunidad científica local e internacional, y manteniendo su compromiso de contribuir al avance del conocimiento científico, tanto en el contexto estonio como a nivel global.
La sede de la Academia se encuentra en Tallin, en la calle Kohtu, en un edificio proyectado por el arquitecto Martin Gropius en 1865.