Entró en la Universidad de Wittenberg en 1702, donde estudió primero Filosofía y luego Medicina.

Posteriormente viajó en una gira científica por Alemania, Holanda e Inglaterra.

Después de su retorno a Wittenberg dos años más tarde fue habilitado como docente.

En esta posición Vater fundó un "Museo de Anatomía" que contribuyó a agrandar aún más su fama.

En 1746 fue designado como profesor de Terapia, posición que ocupó hasta su fallecimiento.