[4]​ Nace en la hacienda Huaraculén, ubicada en Villa Alegre, actualmente en región del Maule, siendo sus padres Agustín Molina y Francisca González Bruna.

Dada su excelencia académica —especialmente en lenguajes— fue aceptado entre los jesuitas a los quince años de edad.

Si bien su autoría generó alguna discusión, dado que fue inicialmente anónimo y algunos historiadores se la acreditaban al jesuita Felipe Gómez de Vidaurre, su autoría es confirmada por Diego Barros Arana y posteriormente por muchos otros.

[7]​ Si bien tras la independencia de Chile intenta volver a su país natal, según le señala a su amigo y coterráneo maulino Nicolás de la Cruz, su salud nunca le permite retornar, falleciendo en Bolonia en 1829.

[8]​Su obra fue originalmente escrita en italiano, pero traducida prontamente al alemán, inglés, español y francés.

[7]​ La primera parte del Compendio describió por primera vez la historia natural del Reino de Chile, incluyendo su situación geográfica y aspectos naturales que comprenden los ríos, flora, fauna y minerales que allí se encuentran.

Es así como en botánica es reglamentario y permisible escribir simplemente Molina cuando se hace una referencia a alguna de sus descripciones.

En la segunda obra mencionada, Molina propuso la tesis de que las diferencias físicas observables en la raza humana se deben a factores climáticos y geográficos, anticipando la hipótesis del poblamiento externo del continente americano.

Afortunadamente para él, ese comité no encontró nada contra la fe en sus escritos y autorizó su publicación.

A pesar de esto, sus Analogías no fueron publicadas por mucho tiempo, conservándose en Italia solo su original en castellano.

Así en 1926 se inauguró oficialmente el nuevo local, que hasta hoy ocupa.

La Universidad de Talca otorga desde 1992 la Medalla al Mérito Juan Ignacio Molina, que ha sido recibida por figuras como José Donoso, Nicanor Parra, Margot Loyola, Humberto Maturana, Sonia Montecino, y Miguel Littín, entre otras connotadas personalidades.