[2] En procariontes, el gen de rRNA 5S está comúnmente ubicado en operones de rRNA río abajo de las subunidades menor y mayor del rRNA y se co-transcribe en un precursor policistrónico.
[4][5] El rRNA 5S eucarionte está sintetizado por la ARN polimerasa III, mientras que otros rRNAs eucariontes son cortados de un precursor 45S transcrito por la ARN polimerasa I.
[8] La estructura secundaria del rRNA 5S consiste en cinco hélices (denotadas I-V en números romanos), cuatro bucles (B-E) y una bisagra (A), formando una estructura en forma de "Y".
[4] Según los estudios filogenéticos, las hélices I y III son probablemente ancestrales.
[10] Se cree que la hélice V interactúa con TFIIIA.