El club pasó sus primeros años en el fútbol reunionés a la sombra del SS Saint-Louisienne, más conocido y apoyado en ese momento que el Athletic.
AF Saint-Louis evoluciona en divisiones inferiores sin que se le note demasiado.
En la temporada 2012 debutó en la Tercera División de Reunión con un subcampeonato del grupo b.
[1] En la temporada 2013 salió campeón del grupo b y ascendió a la Segunda División de Reunión.
[2] En 2014 terminó 5.° de la Segunda División hasta que en la temporada 2017 logra el ascenso a la Primera División de Reunión.