En ese entonces Víctor Bolaños quien era visor y D.T del Saprissa en ligas menores crea un convenio con la Asociación Desamparadeña para llevar jugadores a sus canteras.
Y logran el cetro de Tercera División de ANAFA a nivel Distrital y Cantonal por Desamparados.
Este club josefino clasifica por San José y asciende a la Liga Superior Aficionada junto con la A.D.
Otro caso fue el de un club llamado Real Desamparados, que estuvo en la Segunda División de Costa Rica en 2010, y que después vendió la franquicia, pero AD Desamparadeña se considera el equipo que representa al distrito central del cantón, a diferencia de otros equipos en la Primera División de LINAFA del cantón, los cuales no representan al distrito central.
El equipo debuta en la Primera División de LINAFA en la temporada 2016/17.