Fue nombrado gobernador de Madagascar por la Compañía Francesa de las Indias Orientales en 1648.
Flacourt restauró el orden entre los soldados franceses, que se habían amotinado, pero en su trato con los indígenas tuvo menos éxito, y sus intrigas y ataques lo mantuvo en el acoso continuo durante todo su mandato.
No mucho tiempo después fue nombrado director general de la empresa, pero habiendo regresado de nuevo a Madagascar, se ahogó en su viaje de regreso a casa el 10 de junio de 1660.
Flacourt fue uno de los pocos, si no el único, en haber grabado y conocido el pájaro elefante de Madagascar cuando todavía existía.
Flacourtia, un género de plantas de las salicáceas, fue nombrado en su honor.