[2]​ Émerson se forjó como futbolista en las categorías inferiores del Grêmio de Porto Alegre, donde debutó como profesional y con el que conquistó la Copa Libertadores 1995.

Allí le esperaba el Bayer Leverkusen, donde rápidamente se hizo con un puesto de titular y con el mando del equipo.

En 2007, en un partido contra Osasuna en el Estadio Santiago Bernabéu logró recoinciliarse con su afición a raíz de su buen juego.

Algo más adelante, el Inter de Milán realizó una oferta por el brasileño siendo calificado por su director técnico como "uno de los mejores jugadores del mundo en su posición", pero las noticias no eran muy buenas para Émerson, ya que inmediatamente Marco Materazzi, se pronunció sobre el asunto y afirmó, en declaraciones para La Gazzetta dello Sport, que "si el brasileño decide abandonar el Real Madrid, más le vale que sea para regresar a la Juventus porque en el Inter de Milán no será bien recibido".

Émerson no pudo hacer una gran contribución al juego de su nuevo equipo debido a una lesión, jugando solo 20 partidos en la temporada 2007-08.

Inmediatamente, Émerson se puso en contacto con Grêmio con el objetivo de terminar su carrera en el equipo que le vio nacer como futbolista.

El 16 de octubre del 2009, Emerson decidió finalizar su contrato y dejó el Santos debido a nuevos problemas con las lesiones.