Fundó el Hogar San José, destinado a las personas que viven en situación de calle.

[6]​ Durante ocho años, siendo novicio compartió residencia junto a Jorge Mario Bergoglio (futuro papa Francisco), inicialmente permaneció en el Colegio Máximo de San Miguel y luego en la Iglesia de El Salvador.

En 1992, creó la Fundación Manos Abiertas, una organización de caridad que brinda ayuda a las personas más pobres y vulnerables.

Esta ceremonia marcó un hecho histórico al ser es el primer jesuita en llegar a ese cargo[9]​ y siendo la primera ordenación de un arzobispo en la arquidiócesis.

Ñáñez le legó su báculo, el mismo que llevó consigo frente a la sede cordobesa.

[20]​ Ofreció numerosos ejercicios espirituales ignacianos a grupos de sacerdotes, religiosos y laicos.