Importancia de todo el genoma

Umbral de significación estadística para asociaciones genéticas.

En los estudios de asociación de todo el genoma , la significación de todo el genoma (abreviada GWS ) es un umbral específico para determinar la significación estadística de una asociación informada entre un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) determinado y un rasgo determinado . El umbral más comúnmente aceptado es p < 5 × 10 ⁻⁸ , que se basa en realizar una corrección de Bonferroni para todos los SNP comunes e independientes en todo el genoma humano . ^[1] Si se encuentra que un valor p es inferior a este umbral en un estudio de asociación de todo el genoma, normalmente se rechazará la hipótesis nula de que no hay una verdadera asociación de SNP. ^[2] Sin embargo, ha habido algunas críticas a este umbral, y un estudio de 2012 sugiere que un número significativo de asociaciones con valores p justo por encima de este umbral son asociaciones genuinas y replicables. Los autores de este estudio concluyeron que su hallazgo "...sugiere una posible relajación en el umbral actual del GWS". ^[3] Más recientemente, se ha sugerido que el umbral convencional debería modificarse para tener en cuenta la creciente prevalencia de variantes genéticas de baja frecuencia en estudios de asociación de todo el genoma. ^[4]

Referencias

1. Xu, ChangJiang; Tachmazidou, Ioanna; Walter, Klaudia; Ciampi, Antonio; Zeggini, Eleftheria; Greenwood, Celia MT ; el Consorcio UK10K (abril de 2014). "Estimación de la importancia de todo el genoma para estudios de secuenciación del genoma completo: importancia de todo el genoma para variantes raras". Epidemiología genética . 38 (4): 281–290. doi :10.1002/gepi.21797. PMC  4489336 . PMID  24676807.{{cite journal}}: Mantenimiento CS1: nombres numéricos: lista de autores ( enlace )
2. Roeder, Kathryn; Wasserman, Larry (noviembre de 2009). "Niveles de significancia de todo el genoma y pruebas de hipótesis ponderadas". Ciencia estadística . 24 (4): 398–413. doi :10.1214/09-STS289. ISSN  0883-4237. PMC 2920568 . PMID  20711421. 
3. Panagiotou, Orestis A; Ioannidis, John PA; para el Proyecto de Importancia de Todo el Genoma (febrero de 2012). "¿Cuál debería ser el umbral de importancia para todo el genoma? Replicación empírica de asociaciones genéticas límite". Revista Internacional de Epidemiología . 41 (1): 273–286. doi : 10.1093/ije/dyr178 . ISSN  0300-5771. PMID  22253303.
4. Fadista, João; Manning, Alisa K.; Flórez, José C.; Groop, Leif (agosto de 2016). "El (in) famoso umbral de valor P de GWAS revisado y actualizado para variantes de baja frecuencia". Revista europea de genética humana . 24 (8): 1202-1205. doi :10.1038/ejhg.2015.269. ISSN  1476-5438. PMC 4970684 . PMID  26733288.