La temporada 1999 de la WNBA fue la tercera temporada de la Asociación Nacional de Baloncesto Femenino . En la temporada de 1999 se unieron a la liga dos equipos de expansión, Minnesota Lynx y Orlando Miracle . El calendario se incrementó de 30 a 32 partidos por equipo. La temporada terminó con las Houston Comets ganando su tercer campeonato de la WNBA.
Conferencia Este
Conferencia Oeste
Nota: Los equipos con una "X" aseguraron lugares en los playoffs.