La temporada 1988-89 de la Segunda Liga Yugoslava fue la 43.ª temporada de la Segunda Liga Federal ( en serbocroata : Druga savezna liga ), la competición de fútbol de segunda categoría de la SFR Yugoslavia , desde su creación en 1946.
En total, veinte equipos participaron en la liga, incluidos ocho equipos de la División Oeste y ocho equipos de la División Este de la temporada 1987-88, dos clubes descendidos de la Primera Liga Yugoslava 1987-88 y dos equipos ascendidos de las Ligas Interrepúblicas jugadas en la temporada 1987-88. La liga se disputó en un formato de todos contra todos , con cada club jugando dos veces contra todos los demás clubes, para un total de 38 rondas. Se otorgaban dos puntos por victoria, mientras que en caso de empate, se lanzaban penaltis y el ganador de la tanda de penaltis recibía un punto, mientras que el perdedor no obtenía nada. La temporada 1988-89 fue la primera en presentar este sistema de desempate, y la decisión de la Asociación Yugoslava de Fútbol de implementarlo causó muchas críticas y controversia. Aparentemente, el mayor defensor del nuevo sistema fue el presidente de la Asociación, Slavko Šajber , y el sistema a menudo fue mencionado despectivamente en los medios de comunicación como "los penaltis de Šajber".
El Prishtina y el Sutjeska descendieron de la Primera División de Yugoslavia en la temporada 1987-88 tras quedar en los dos últimos puestos de la clasificación. Los dos clubes que ascendieron a la segunda división fueron el Belasica y el Bačka .
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