La temporada 1939-1940 fue la 67.ª temporada de fútbol competitivo en Escocia. Habría sido la 50.ª temporada de la Scottish Football League , pero el estallido de la Segunda Guerra Mundial el 3 de septiembre de 1939 provocó la suspensión de la liga después de cinco rondas de partidos jugados en la División Uno y cuatro rondas en la División Dos. La liga no compitió oficialmente hasta la temporada 1946-1947 , pero hubo ligas regionales durante estos años.
La Liga Escocesa suspendió oficialmente su competición el 13 de septiembre de 1939 y creó un comité para investigar la posibilidad de competiciones de liga regional. Estas se aprobaron el 26 de septiembre después de que el Ministro del Interior concediera el permiso, y comenzaron un mes después. Había dos divisiones: oriental y occidental; cada una de ellas compuesta por 16 clubes. Esto dejó seis de los clubes de la liga anterior: Montrose , Brechin City , Forfar Athletic , Leith Athletic , Edinburgh City y East Stirlingshire .
Cowdenbeath dimitió a mitad de temporada, ya había jugado una vez contra todos los demás clubes, por lo que se permitió que su récord se mantuviera. La competición se completó con un desempate entre los dos ganadores de división, que fueron Rangers y Falkirk. Los Rangers ganaron 2-1 en Ibrox Park .