Lista de reglas estándar para traducir información codificada por ADN en proteínas
Se puede utilizar una tabla de codones para traducir un código genético en una secuencia de aminoácidos . [1] [2] El código genético estándar se representa tradicionalmente como una tabla de codones de ARN , porque cuando los ribosomas producen proteínas en una célula , es el ARN mensajero (ARNm) el que dirige la síntesis de proteínas . [2] [3] La secuencia del ARNm está determinada por la secuencia del ADN genómico . [4] En este contexto, el código genético estándar se denomina tabla de traducción 1. [3] También se puede representar en una tabla de codones de ADN. Los codones de ADN en dichas tablas se encuentran en la cadena de ADN sentido y están dispuestos en dirección 5 ' a 3 ' . Se utilizan diferentes tablas con codones alternativos dependiendo de la fuente del código genético, como por ejemplo de un núcleo celular , mitocondria , plastidio o hidrogenosoma . [5]
Hay 64 codones diferentes en el código genético y en las tablas siguientes; la mayoría especifica un aminoácido. [6] Tres secuencias, UAG, UGA y UAA, conocidas como codones de parada , [nota 1] no codifican un aminoácido sino que señalan la liberación del polipéptido naciente del ribosoma. [7] En el código estándar, la secuencia AUG, leída como metionina , puede servir como codón de inicio y, junto con secuencias como un factor de iniciación , inicia la traducción. [3] [8] [9] En raras ocasiones, los codones de inicio en el código estándar también pueden incluir GUG o UUG; estos codones normalmente representan valina y leucina , respectivamente, pero como codones de inicio se traducen como metionina o formilmetionina . [3] [9]
La primera tabla, la tabla estándar, se puede utilizar para traducir tripletes de nucleótidos al aminoácido correspondiente o a la señal apropiada si se trata de un codón de inicio o de parada. La segunda tabla, apropiadamente llamada inversa, hace lo contrario: puede usarse para deducir un posible código triplete si se conoce el aminoácido. Como varios codones pueden codificar el mismo aminoácido, en algunos casos se proporciona la notación de ácidos nucleicos de la Unión Internacional de Química Pura y Aplicada (IUPAC) .
Tabla de traducción 1
Tabla de codones de ARN estándar
Como se muestra en la tabla anterior, la tabla 1 del NCBI incluye los codones de inicio menos canónicos GUG y UUG. [3]
Tabla de codones de ARN inverso
Tabla de codones de ADN estándar
Tabla de codones de ADN inverso
Codones alternativos en otras tablas de traducción.
Alguna vez se creyó que el código genético era universal: [16] un codón codificaría el mismo aminoácido independientemente del organismo o la fuente. Sin embargo, ahora se acepta que el código genético evoluciona, [17] lo que genera discrepancias en cómo se traduce un codón según la fuente genética. [16] [17] Por ejemplo, en 1981, se descubrió que el uso de los codones AUA, UGA, AGA y AGG por el sistema de codificación en las mitocondrias de los mamíferos difería del código universal. [16] Los codones de parada también pueden verse afectados: en los protozoos ciliados , los codones de parada universales UAA y UAG codifican glutamina. [17] [nota 4] La siguiente tabla muestra estos codones alternativos.
Ver también
Notas
- ^ Cada codón de parada tiene un nombre específico: UAG es ámbar , UGA es ópalo o sombra y UAA es ocre . [7] En el ADN, estos codones de parada son TAG, TGA y TAA, respectivamente.
- ^ abcdef La base histórica para designar los codones de terminación como ámbar, ocre y ópalo se describe en la autobiografía de Sydney Brenner [11] y en un artículo histórico de Bob Edgar. [12]
- ^ La principal diferencia entre el ADN y el ARN es que la timina (T) solo se encuentra en el primero. En el ARN, se reemplaza por uracilo (U). [15] Ésta es la única diferencia entre la tabla de codones de ARN estándar y la tabla de codones de ADN estándar.
- ^ Euplotes octacarinatus es una excepción. [17]
Referencias
- ^ ab "Tabla de traducción de aminoácidos". La Universidad Estatal de Oregon. Archivado desde el original el 29 de mayo de 2020 . Consultado el 2 de diciembre de 2020 .
- ^ ab Bartee, Lisa; Brook, Jack. MHCC Biología 112: Biología para las profesiones de la salud. Abierto Oregón. pag. 42. Archivado desde el original el 6 de diciembre de 2020 . Consultado el 6 de diciembre de 2020 .
- ^ abcdef Elzanowski A, Ostell J (7 de enero de 2019). "Los códigos genéticos". Centro Nacional de Información Biotecnológica. Archivado desde el original el 5 de octubre de 2020 . Consultado el 21 de febrero de 2019 .
- ^ "Funciones de ARN". Citable . Educación en la naturaleza. Archivado desde el original el 18 de octubre de 2008 . Consultado el 5 de enero de 2021 .
- ^ "Los códigos genéticos". Centro Nacional de Información Biotecnológica. Archivado desde el original el 13 de mayo de 2011 . Consultado el 2 de diciembre de 2020 .
- ^ "Codón". Instituto Nacional de Investigaciones del Genoma Humano . Archivado desde el original el 22 de octubre de 2020 . Consultado el 10 de octubre de 2020 .
- ^ ab Maloy S. (29 de noviembre de 2003). "Cómo obtuvieron sus nombres las mutaciones sin sentido". Curso de Genética Microbiana . Universidad Estatal de San Diego. Archivado desde el original el 23 de septiembre de 2020 . Consultado el 10 de octubre de 2020 .
- ^ Hinnebusch AG (2011). "Mecanismo molecular de exploración y selección de codones de inicio en eucariotas". Reseñas de Microbiología y Biología Molecular . 75 (3): 434–467. doi : 10.1128/MMBR.00008-11 . PMC 3165540 . PMID 21885680.
- ^ ab Touriol C, Bornes S, Bonnal S, Audigier S, Prats H, Prats AC, Vagner S (2003). "Generación de diversidad de isoformas de proteínas mediante inicio alternativo de la traducción en codones distintos de AUG". Biología de la Célula . 95 (3–4): 169–78. doi : 10.1016/S0248-4900(03)00033-9 . PMID 12867081.
- ^ "La información del ADN determina la función celular mediante la traducción". Citable . Educación en la naturaleza. Archivado desde el original el 23 de septiembre de 2017 . Consultado el 5 de diciembre de 2020 .
- ^ Brennero, Sydney; Wolpert, Lewis (2001). Una vida en la ciencia . Biomed Central Limitada. págs. 101-104. ISBN 9780954027803.
- ^ Édgar B (2004). "El genoma del bacteriófago T4: una excavación arqueológica". Genética . 168 (2): 575–82. doi :10.1093/genética/168.2.575. PMC 1448817 . PMID 15514035. ver páginas 580–581
- ^ ab IUPAC — Comisión de Nomenclatura Bioquímica de la IUB. "Abreviaturas y símbolos de ácidos nucleicos, polinucleótidos y sus constituyentes" (PDF) . Unión internacional de Química Pura Aplicada . Consultado el 5 de diciembre de 2020 .
- ^ "¿Qué hace el ADN?". Tu genoma . Bienvenido Campus Genoma. Archivado desde el original el 29 de noviembre de 2020 . Consultado el 12 de enero de 2021 .
- ^ "Genes". ADN, genética y evolución . Universidad de Boston. Archivado desde el original el 28 de abril de 2020 . Consultado el 10 de diciembre de 2020 .
- ^ abc Osawa, A (noviembre de 1993). "Cambios evolutivos en el código genético". Bioquímica y Fisiología Comparada . 106 (2): 489–94. doi :10.1016/0305-0491(93)90122-l. PMID 8281749.
- ^ abcd Osawa S, Jukes TH, Watanabe K, Muto A (marzo de 1992). "Evidencia reciente de la evolución del código genético". Revisiones microbiológicas . 56 (1): 229–64. doi :10.1128/MR.56.1.229-264.1992. PMC 372862 . PMID 1579111.
Otras lecturas
- Chevance FV, Hughes KT (2 de mayo de 2017). "Caso del código genético como un triplete de trillizos". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 114 (18): 4745–4750. Código Bib : 2017PNAS..114.4745C. doi : 10.1073/pnas.1614896114 . JSTOR 26481868. PMC 5422812 . PMID 28416671.
- Dever TE (29 de junio de 2012). "Un nuevo comienzo para la síntesis de proteínas". Ciencia . Asociación Estadounidense para el Avance de la Ciencia. 336 (6089): 1645–1646. Código Bib : 2012 Ciencia... 336.1645D. doi : 10.1126/ciencia.1224439. JSTOR 41585146. PMID 22745408. S2CID 44326947 . Consultado el 17 de octubre de 2020 .
- Gardner RS, Wahba AJ, Basilio C, Miller RS, Lengyel P, Speyer JF (diciembre de 1962). "Polinucleótidos sintéticos y el código de aminoácidos. VII". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 48 (12): 2087–2094. Código bibliográfico : 1962PNAS...48.2087G. doi : 10.1073/pnas.48.12.2087 . PMC 221128 . PMID 13946552.
- Nakamoto T (marzo de 2009). "Evolución y universalidad del mecanismo de inicio de la síntesis de proteínas". Gen. 432 (1–2): 1–6. doi :10.1016/j.gene.2008.11.001. PMID 19056476.
- Wahba AJ, Gardner RS, Basilio C, Miller RS, Speyer JF, Lengyel P (enero de 1963). "Polinucleótidos sintéticos y el código de aminoácidos. VIII". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 49 (1): 116-122. Código bibliográfico : 1963PNAS...49..116W. doi : 10.1073/pnas.49.1.116 . PMC 300638 . PMID 13998282.
- Yanofsky C (9 de marzo de 2007). "Establecimiento de la naturaleza triple del código genético". Celúla . 128 (5): 815–818. doi : 10.1016/j.cell.2007.02.029 . PMID 17350564. S2CID 14249277.
- Zaneveld J, Hamady M, Sueoka N, Knight R (28 de febrero de 2009). "CodonExplorer: una base de datos interactiva en línea para el análisis del uso de codones y la composición de secuencias". Bioinformática para el análisis de secuencias de ADN . Métodos en biología molecular. vol. 537, págs. 207–232. doi :10.1007/978-1-59745-251-9_10. ISBN 978-1-58829-910-9. PMC 2953947 . PMID 19378146.
enlaces externos
- Tabla de codones de ADN organizada en una rueda.