Las partículas ribosómicas se indican según sus coeficientes de sedimentación en unidades de Svedberg . La subunidad 60S es la subunidad grande de los ribosomas 80S eucariotas , siendo el otro componente principal la subunidad ribosómica pequeña eucariota (40S) . Está relacionado estructural y funcionalmente con la subunidad 50S de los ribosomas procarióticos 70S . [1] [2] [3] [4] [5] [6] Sin embargo, la subunidad 60S es mucho más grande que la subunidad 50S procariótica y contiene muchos segmentos de proteínas adicionales, así como segmentos de expansión de ARN ribosómico .
Estructura general
Los rasgos característicos de la subunidad grande, que se muestran a continuación en la "Vista de la corona", incluyen la protuberancia central (CP) y los dos tallos, que se denominan según sus componentes proteicos bacterianos (el tallo L1 a la izquierda visto desde la interfaz de la subunidad y L7/L12 a la derecha). Hay tres sitios de unión para el ARNt , el sitio A, el sitio P y el sitio E (consulte el artículo sobre traducción de proteínas para obtener más detalles). El núcleo de la subunidad 60S está formado por el ARN ribosómico 28S (abreviado 28S rRNA), que es homólogo al ARNr 23S procariótico , que también aporta el sitio activo ( centro de peptidil transferasa , PTC) del ribosoma. [2] [4] El núcleo del ARNr está decorado con docenas de proteínas. En la figura "Estructura cristalina de la subunidad ribosómica 60S eucariótica de T. thermophila ", el núcleo del ARN ribosómico se representa como un tubo gris y los segmentos de expansión se muestran en rojo. Las proteínas que tienen homólogos en eucariotas, arqueas y bacterias se muestran como cintas azules. Las proteínas compartidas sólo entre eucariotas y arqueas se muestran como cintas naranjas y las proteínas específicas de eucariotas se muestran como cintas rojas.
Estructura cristalina de la subunidad ribosómica 60S eucariótica de T. thermophila
Subunidad 60S vista desde el lado de la interfaz de la subunidad, identificadores PDB 4A17, 4A19
Subunidad 60S vista desde el lado expuesto al disolvente, identificadores PDB 4A17, 4A19
Proteínas ribosómicas 60S
La tabla "Proteínas ribosómicas 60S" muestra los pliegues proteicos individuales de la subunidad 60S coloreados mediante conservación como se indica arriba. Las extensiones específicas de eucariotas, que van desde unos pocos residuos o bucles hasta hélices alfa muy largas y dominios adicionales, están resaltadas en rojo. [2]
Históricamente se han utilizado diferentes nomenclaturas para las proteínas ribosómicas. Por ejemplo, las proteínas se han numerado según sus propiedades de migración en experimentos de electroforesis en gel . Por lo tanto, diferentes nombres pueden referirse a proteínas homólogas de diferentes organismos, mientras que nombres idénticos no necesariamente denotan proteínas homólogas. La tabla "Proteínas ribosómicas 60S" hace referencias cruzadas de los nombres de las proteínas ribosómicas humanas con homólogos de levaduras, bacterias y arqueas. [7] Se puede encontrar más información en la base de datos de genes de proteínas ribosómicas (RPG). [7]
Ver también
Referencias
- ^ Subunidades 60S + ribosoma + en los títulos de materias médicas (MeSH) de la Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU.
- ^ abcd Klinge, S; Voigts-Hoffmann, F; Leibundgut, M; Arpagaus, S; Prohibición, N (2011). "Estructura cristalina de la subunidad ribosómica 60S eucariótica en complejo con el factor de iniciación 6". Ciencia . 334 (6058): 941–948. Código Bib : 2011 Ciencia... 334..941K. doi : 10.1126/ciencia.1211204. PMID 22052974. S2CID 206536444.
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- ^ Yusupov, MM; Yusupova, GZ; Baucom, A; Liberman, K; Serio, TN; Cate, JH; Noller, HF (mayo de 2001). "Estructura cristalina del ribosoma a una resolución de 5,5 A". Ciencia . 292 (5518): 883–896. Código Bib : 2001 Ciencia... 292..883Y. doi : 10.1126/ciencia.1060089 . PMID 11283358. S2CID 39505192.
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- ^ Prohibición, Nenad; Beckmann, Roland; Cate, Jamie HD; Dinman, Jonathan D; Dragón, François; Ellis, Steven R; Lafontaine, Denis LJ; Lindahl, Lasse; Liljas, Anders; Lipton, Jeffrey M; McAlear, Michael A; Moore, Peter B; Noller, Harry F; Ortega, Joaquín; Panse, Vikram Govind; Ramakrishnan, V; Spahn, Christian MT; Steitz, Thomas A; Tchorzewski, Marek; Tollervey, David; Warren, Alan J; Williamson, James R; Wilson, Daniel; Yonath, Ada; Yusupov, Marat (2014). "Un nuevo sistema para nombrar proteínas ribosómicas". Opinión actual en biología estructural . 24 . Elsevier BV: 165-169. doi :10.1016/j.sbi.2014.01.002. ISSN 0959-440X. PMC 4358319 . PMID 24524803.
- ^ Yoshihama, Maki; Uechi, Tamayo; Asakawa, Shuichi; Kawasaki, Kauhiko (2002). "Los genes de las proteínas ribosómicas humanas: secuenciación y análisis comparativo de 73 genes". Investigación del genoma . 12 (3): 379–390. doi :10.1101/gr.214202. PMC 155282 . PMID 11875025.
- ^ BEF significa conservado en eucariotas, arqueas y bacterias, EA significa conservado en eucariotas y arqueas y E significa proteína específica de eucariotas
- ^ Tradicionalmente, las proteínas ribosómicas se denominaban según su peso molecular aparente en la electroforesis en gel, lo que daba lugar a diferentes nombres para proteínas homólogas de diferentes organismos. El RPG ofrece una nomenclatura unificada para genes de proteínas ribosómicas basada en la homología.
- ^ RPL28 no tiene ningún homólogo detectable en levadura
Enlaces externos
- Base de datos de genes de proteínas ribosómicas (RPG)