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Subunidad ribosómica grande eucariota (60S)

Las partículas ribosómicas se indican según sus coeficientes de sedimentación en unidades de Svedberg . La subunidad 60S es la subunidad grande de los ribosomas 80S eucariotas , siendo el otro componente principal la subunidad ribosómica pequeña eucariota (40S) . Está relacionado estructural y funcionalmente con la subunidad 50S de los ribosomas procarióticos 70S . [1] [2] [3] [4] [5] [6] Sin embargo, la subunidad 60S es mucho más grande que la subunidad 50S procariótica y contiene muchos segmentos de proteínas adicionales, así como segmentos de expansión de ARN ribosómico .

Estructura general

Los rasgos característicos de la subunidad grande, que se muestran a continuación en la "Vista de la corona", incluyen la protuberancia central (CP) y los dos tallos, que se denominan según sus componentes proteicos bacterianos (el tallo L1 a la izquierda visto desde la interfaz de la subunidad y L7/L12 a la derecha). Hay tres sitios de unión para el ARNt , el sitio A, el sitio P y el sitio E (consulte el artículo sobre traducción de proteínas para obtener más detalles). El núcleo de la subunidad 60S está formado por el ARN ribosómico 28S (abreviado 28S rRNA), que es homólogo al ARNr 23S procariótico , que también aporta el sitio activo ( centro de peptidil transferasa , PTC) del ribosoma. [2] [4] El núcleo del ARNr está decorado con docenas de proteínas. En la figura "Estructura cristalina de la subunidad ribosómica 60S eucariótica de T. thermophila ", el núcleo del ARN ribosómico se representa como un tubo gris y los segmentos de expansión se muestran en rojo. Las proteínas que tienen homólogos en eucariotas, arqueas y bacterias se muestran como cintas azules. Las proteínas compartidas sólo entre eucariotas y arqueas se muestran como cintas naranjas y las proteínas específicas de eucariotas se muestran como cintas rojas.

Estructura cristalina de la subunidad ribosómica 60S eucariótica de T. thermophila
  • Subunidad 60S vista desde el lado de la interfaz de la subunidad, identificadores PDB 4A17, 4A19
    Subunidad 60S vista desde el lado de la interfaz de la subunidad, identificadores PDB 4A17, 4A19
  • Subunidad 60S vista desde el lado expuesto al disolvente, identificadores PDB 4A17, 4A19
    Subunidad 60S vista desde el lado expuesto al disolvente, identificadores PDB 4A17, 4A19

Proteínas ribosómicas 60S

La tabla "Proteínas ribosómicas 60S" muestra los pliegues proteicos individuales de la subunidad 60S coloreados mediante conservación como se indica arriba. Las extensiones específicas de eucariotas, que van desde unos pocos residuos o bucles hasta hélices alfa muy largas y dominios adicionales, están resaltadas en rojo. [2]

Históricamente se han utilizado diferentes nomenclaturas para las proteínas ribosómicas. Por ejemplo, las proteínas se han numerado según sus propiedades de migración en experimentos de electroforesis en gel . Por lo tanto, diferentes nombres pueden referirse a proteínas homólogas de diferentes organismos, mientras que nombres idénticos no necesariamente denotan proteínas homólogas. La tabla "Proteínas ribosómicas 60S" hace referencias cruzadas de los nombres de las proteínas ribosómicas humanas con homólogos de levaduras, bacterias y arqueas. [7] Se puede encontrar más información en la base de datos de genes de proteínas ribosómicas (RPG). [7]

Ver también

Referencias

  1. ^ Subunidades 60S + ribosoma + en los títulos de materias médicas (MeSH) de la Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU.
  2. ^ abcd Klinge, S; Voigts-Hoffmann, F; Leibundgut, M; Arpagaus, S; Prohibición, N (2011). "Estructura cristalina de la subunidad ribosómica 60S eucariótica en complejo con el factor de iniciación 6". Ciencia . 334 (6058): 941–948. Código Bib : 2011 Ciencia... 334..941K. doi : 10.1126/ciencia.1211204. PMID  22052974. S2CID  206536444.
  3. ^ ab Ben-Shem, A; Garreau; de Loubresse, N; Mélnikov, S; Jenner, L; Yusupova, G; Yusupov, M (diciembre de 2011). "La estructura del ribosoma eucariota con una resolución de 3,0 Å". Ciencia . 334 (6062): 1524-1529. Código bibliográfico : 2011 Ciencia... 334.1524B. doi : 10.1126/ciencia.1212642 . PMID  22096102. S2CID  9099683.
  4. ^ ab Prohibición, N; Nissen, P; Hansen, J; Moore, PB; Steitz, TA (agosto de 2000). "La estructura atómica completa de la subunidad ribosomal grande con una resolución de 2,4 A". Ciencia . 289 (5481): 905–920. Código bibliográfico : 2000Sci...289..905B. doi : 10.1126/ciencia.289.5481.905. PMID  10937989.
  5. ^ Cate, JH; Yusupov, MM; Yusupova, GZ; Serio, TN; Noller, HF (septiembre de 1999). "Estructuras cristalinas de rayos X de complejos funcionales de ribosomas 70S". Ciencia . 285 (5436): 2095–2104. doi : 10.1126/ciencia.285.5436.2095. PMID  10497122.
  6. ^ Yusupov, MM; Yusupova, GZ; Baucom, A; Liberman, K; Serio, TN; Cate, JH; Noller, HF (mayo de 2001). "Estructura cristalina del ribosoma a una resolución de 5,5 A". Ciencia . 292 (5518): 883–896. Código Bib : 2001 Ciencia... 292..883Y. doi : 10.1126/ciencia.1060089 . PMID  11283358. S2CID  39505192.
  7. ^ abc Nakao, A; Yoshihama, M; Kenmochi, N (2004). "RPG: la base de datos de genes de proteínas ribosómicas". Ácidos nucleicos Res . 32 (90001): D168–70. doi :10.1093/nar/gkh004. PMC 308739 . PMID  14681386. 
  8. ^ Estructura de la 'T. thermophila', proteínas de las estructuras de la subunidad grande PDBS 417, 4A19
  9. ^ La nomenclatura según la base de datos de genes de proteínas ribosómicas se aplica a H. sapiens y T. thermophila.
  10. ^ Prohibición, Nenad; Beckmann, Roland; Cate, Jamie HD; Dinman, Jonathan D; Dragón, François; Ellis, Steven R; Lafontaine, Denis LJ; Lindahl, Lasse; Liljas, Anders; Lipton, Jeffrey M; McAlear, Michael A; Moore, Peter B; Noller, Harry F; Ortega, Joaquín; Panse, Vikram Govind; Ramakrishnan, V; Spahn, Christian MT; Steitz, Thomas A; Tchorzewski, Marek; Tollervey, David; Warren, Alan J; Williamson, James R; Wilson, Daniel; Yonath, Ada; Yusupov, Marat (2014). "Un nuevo sistema para nombrar proteínas ribosómicas". Opinión actual en biología estructural . 24 . Elsevier BV: 165-169. doi :10.1016/j.sbi.2014.01.002. ISSN  0959-440X. PMC 4358319 . PMID  24524803. 
  11. ^ Yoshihama, Maki; Uechi, Tamayo; Asakawa, Shuichi; Kawasaki, Kauhiko (2002). "Los genes de las proteínas ribosómicas humanas: secuenciación y análisis comparativo de 73 genes". Investigación del genoma . 12 (3): 379–390. doi :10.1101/gr.214202. PMC 155282 . PMID  11875025. 
  12. ^ BEF significa conservado en eucariotas, arqueas y bacterias, EA significa conservado en eucariotas y arqueas y E significa proteína específica de eucariotas
  13. ^ Tradicionalmente, las proteínas ribosómicas se denominaban según su peso molecular aparente en la electroforesis en gel, lo que daba lugar a diferentes nombres para proteínas homólogas de diferentes organismos. El RPG ofrece una nomenclatura unificada para genes de proteínas ribosómicas basada en la homología.
  14. ^ RPL28 no tiene ningún homólogo detectable en levadura

enlaces externos