Las células de los organismos eucariotas están elaboradamente subdivididas en compartimentos unidos a membranas funcionalmente distintos. Algunos constituyentes principales de las células eucariotas son: espacio extracelular , membrana plasmática , citoplasma , núcleo , mitocondrias , aparato de Golgi , retículo endoplásmico (RE), peroxisoma , vacuolas , citoesqueleto , nucleoplasma , nucleolo , matriz nuclear y ribosomas .
Las bacterias también tienen localizaciones subcelulares que pueden separarse cuando se fracciona la célula. Las localizaciones más comunes a las que se hace referencia incluyen el citoplasma , la membrana citoplasmática (también conocida como membrana interna en las bacterias Gram negativas ), la pared celular (que suele ser más gruesa en las bacterias Gram positivas ) y el entorno extracelular . El citoplasma, la membrana citoplasmática y la pared celular son localizaciones subcelulares, mientras que el entorno extracelular claramente no lo es. La mayoría de las bacterias Gram negativas también contienen una membrana externa y un espacio periplásmico . A diferencia de los eucariotas, la mayoría de las bacterias no contienen orgánulos unidos a membranas; sin embargo, existen algunas excepciones (es decir, magnetosomas ). [1]
Las ubicaciones subcelulares de las proteínas determinadas experimentalmente se pueden encontrar en UniProtKB, Compartments y en algunos recursos más especializados, como la base de datos del secretoma bacteriano del ácido láctico.
También hay varias bases de datos de ubicación subcelular con predicciones computacionales , como la base de conocimientos de secretoma de hongos y proteoma subcelular - versión 2 Archivado el 10 de abril de 2016 en Wayback Machine (FunSecKB2), la base de conocimientos de secretoma de plantas y proteoma subcelular Archivado el 6 de abril de 2016. en Wayback Machine (PlantSecKB), MetazSecKB Archivado el 6 de abril de 2016 en Wayback Machine para ubicaciones subcelulares de proteínas de humanos y animales, y ProtSecKB para ubicaciones subcelulares de proteínas de todos los protistas.