La Serie de Japón de 2006 , la 57ª edición de la serie de campeonatos de Nippon Professional Baseball , comenzó el 21 de octubre y finalizó el 26 de octubre, y enfrentó al campeón de la Liga Central, Chunichi Dragons, contra el campeón de la Liga del Pacífico , Hokkaido Nippon Ham Fighters . Los Fighters ganaron la Serie en cinco juegos, llevándose los Juegos 2,3,4 y 5.
En el primer juego, ambos ases lanzaron para sus respectivos equipos: Darvish para los Fighters, Kawakami para los Dragons. Ambos lanzadores comenzaron bien, pero Darvish, quien tuvo combates salvajes en la temporada regular, vio su control desmoronarse en la segunda entrada, regalando la ventaja de 2-0 de los Fighters que había estado apostando en la parte superior de la entrada. Chunichi anotó uno más en el tercero y otro en el octavo para poner a los Dragones locales en la cima, 4-2. El cerrador de los Dragones desde hace mucho tiempo, Iwase, cerró a los Fighters en el noveno para poner a los Dragons en el primer juego a cero.
El súper novato Tomoya Yagi subió al montículo para Nippon Ham en el Juego 2, todavía volando alto tras superar en duelo al as de los SoftBank Hawks, Kazumi Saitoh . Superaría en duelo a otro veterano, esta vez el excéntrico Masahiro Yamamoto. En la batalla de los zurdos, los únicos dos errores que cometería Yagi serían ante Hirokazu Ibata y Kosuke Fukudome, ambos en tiros en solitario.
El quinto juego también sería el último juego de Tsuyoshi Shinjo, ya que anunció su retiro al comienzo de la temporada 2006. Con la victoria, Shinjo terminó su carrera como un libro de cuentos y finalmente ganó su primer título de la Serie Japón en su última temporada. El mánager Trey Hillman se convirtió entonces en el segundo mánager extranjero en ganar un título de la Serie Japón, después de Bobby Valentine , que lo hizo el año anterior .