Los sitios de restricción , o sitios de reconocimiento de restricción , se encuentran en una molécula de ADN que contiene secuencias específicas (de 4 a 8 pares de bases de longitud [1] ) de nucleótidos , que son reconocidos por enzimas de restricción . Estas son generalmente secuencias palindrómicas [2] (porque las enzimas de restricción generalmente se unen como homodímeros ), y una enzima de restricción particular puede cortar la secuencia entre dos nucleótidos dentro de su sitio de reconocimiento, o en algún lugar cercano.
Por ejemplo, la enzima de restricción común EcoRI reconoce la secuencia palindrómica GAATTC y corta entre la G y la A en las cadenas superior e inferior. Esto deja un saliente (una porción final de una cadena de ADN sin complemento unido) conocido como extremo pegajoso [2] en cada extremo de AATT. El saliente se puede utilizar para ligar (ver ADN ligasa ) un fragmento de ADN con un saliente complementario (otro fragmento cortado por EcoRI, por ejemplo).
Algunas enzimas de restricción cortan el ADN en un sitio de restricción de una manera que no deja ningún saliente, llamado extremo romo. [2] Los extremos romos tienen muchas menos probabilidades de ser ligados por una ADN ligasa porque el extremo romo no tiene el par de bases saliente que la enzima puede reconocer y hacer coincidir con un par complementario. [3] Sin embargo, los extremos pegajosos del ADN tienen más probabilidades de unirse con éxito con la ayuda de una ADN ligasa debido a los nucleótidos expuestos y desapareados. Por ejemplo, un extremo pegajoso que sigue a AATTG tiene más probabilidades de unirse con una ligasa que un extremo romo donde las dos cadenas de ADN 5' y 3' están emparejadas. En el caso del ejemplo, el AATTG tendría un par complementario de TTAAC que reduciría la funcionalidad de la enzima ADN ligasa. [4]
Los sitios de restricción se pueden utilizar para múltiples aplicaciones en biología molecular, como la identificación de polimorfismos de longitud de fragmentos de restricción ( RFLP ).
Existen varias bases de datos de sitios de restricción y enzimas, de las cuales la base de datos no comercial más grande es REBASE. [5] [6] Recientemente, se ha demostrado que los nulómeros estadísticamente significativos (es decir, motivos ausentes cortos cuya existencia es muy esperada) en los genomas de los virus son sitios de restricción, lo que indica que los virus probablemente se han deshecho de estos motivos para facilitar la invasión de huéspedes bacterianos. [7] La base de datos de nulómeros contiene un catálogo completo de motivos ausentes mínimos, muchos de los cuales podrían ser motivos de restricción aún no conocidos.