Los sitios de restricción , o sitios de reconocimiento de restricción , están ubicados en una molécula de ADN que contiene secuencias de nucleótidos específicas (de 4 a 8 pares de bases de longitud [1] ) , que son reconocidas por las enzimas de restricción . Generalmente son secuencias palindrómicas [2] (porque las enzimas de restricción generalmente se unen como homodímeros ), y una enzima de restricción particular puede cortar la secuencia entre dos nucleótidos dentro de su sitio de reconocimiento, o en algún lugar cercano.
Por ejemplo, la enzima de restricción común EcoRI reconoce la secuencia palindrómica GAATTC y corta entre la G y la A tanto en la cadena superior como en la inferior. Esto deja un saliente (una porción final de una cadena de ADN sin complemento adjunto) conocido como extremo adhesivo [2] en cada extremo de AATT. Luego, el saliente se puede utilizar para ligar (ver ADN ligasa ) un trozo de ADN con un saliente complementario (otro trozo cortado con EcoRI, por ejemplo).
Algunas enzimas de restricción cortan el ADN en un sitio de restricción de una manera que no deja salientes, lo que se denomina extremo romo. [2] Es mucho menos probable que los extremos romos sean ligados por una ADN ligasa porque el extremo romo no tiene el par de bases sobresalientes que la enzima puede reconocer y combinar con un par complementario. [3] Sin embargo, es más probable que los extremos pegajosos del ADN se unan con éxito con la ayuda de una ADN ligasa debido a los nucleótidos expuestos y desapareados. Por ejemplo, es más probable que un extremo pegajoso que lleva AATTG se una a una ligasa que un extremo romo donde las cadenas de ADN 5' y 3' están emparejadas. En el caso del ejemplo, el AATTG tendría un par complementario de TTAAC que reduciría la funcionalidad de la enzima ADN ligasa. [4]
Los sitios de restricción se pueden utilizar para múltiples aplicaciones en biología molecular, como la identificación de polimorfismos de longitud de fragmentos de restricción ( RFLP ).
Existen varias bases de datos para sitios de restricción y enzimas, de las cuales la base de datos no comercial más grande es REBASE. [5] [6] Recientemente, se ha demostrado que los nulómeros estadísticamente significativos (es decir, motivos cortos ausentes que se espera que existan) en los genomas de virus son sitios de restricción que indican que los virus probablemente se han deshecho de estos motivos para facilitar la invasión de huéspedes bacterianos. . [7] La base de datos Nullomers contiene un catálogo completo de motivos mínimos ausentes, muchos de los cuales podrían ser motivos de restricción aún no conocidos.