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Secretoma

El secretoma es el conjunto de proteínas expresadas por un organismo y secretadas al espacio extracelular . En los seres humanos, este subconjunto del proteoma engloba entre el 13 y el 20% de todas las proteínas, incluidas las citocinas , los factores de crecimiento , las proteínas de la matriz extracelular y los reguladores y receptores de sarro. El secretoma de un tejido específico puede medirse mediante espectrometría de masas y su análisis constituye un tipo de proteómica conocida como secretómica .

Definición

El término secretoma fue acuñado por Tjalsma y colegas en 2004 para denotar todos los factores secretados por una célula, junto con los componentes de la vía secretora. [1] En 2010, esta definición de secretoma fue revisada para incluir solo las proteínas secretadas en el espacio extracelular. [2] Los conceptos relacionados incluyen el matrisoma, que es el subconjunto del secretoma que incluye las proteínas de la matriz extracelular y sus proteínas asociadas; [3] el receptoma, que incluye todos los receptores de membrana, [4] y el adhesoma , que incluye todas las proteínas involucradas en la adhesión celular . [5] [6]

Cuantificación

Las proteínas secretadas en humanos representan el 13-20% de todo el proteoma e incluyen factores de crecimiento, quimiocinas, citocinas, moléculas de adhesión, proteasas y receptores de desprendimiento. [2] Se predice que los genes codificadores de proteínas humanas (39%, 19613 genes [7] ) tienen un péptido señal y/o al menos una región transmembrana que sugiere un transporte activo de la proteína correspondiente fuera de la célula (secreción) o ubicación en uno de los numerosos sistemas de membrana en la célula. Cada vez hay más evidencia que muestra que, además de la carga proteica, los componentes no proteicos, como lípidos, micro-ARN y ARN mensajero, también pueden ser secretados por las células a través de microvesículas (100–>1000 nm de diámetro) − desprendimiento de la membrana plasmática − y exosomas (30–150 nm de diámetro) − liberados a través de un evento de exocitosis endosómica. [8] Los factores presentes en ambos orgánulos representan hasta el 42% del secretoma y se han incorporado como secretoma colectivo. [9] Existe una amplia gama de metodologías disponibles para estudiar los secretomas celulares de células vegetales, células de mamíferos, células madre y células cancerosas. [9]

Véase también

Referencias

  1. ^ Tjalsma, H.; Antelmann, H.; Jongbloed, JDH; Braun, PG; Darmon, E.; Dorenbos, R.; Dubois, J.-YF; Westers, H.; Zanen, G.; Quax, WJ; Kuipers, OP; Bron, S.; Hecker, M.; van Dijl, JM (8 de junio de 2004). "Proteómica de la secreción de proteínas por Bacillus subtilis: separando los" secretos "del secretoma". Reseñas de Microbiología y Biología Molecular . 68 (2): 207–233. doi : 10.1128/MMBR.68.2.207-233.2004 . PMC  419921 . PMID  15187182.
  2. ^ ab Agrawal GK, Jwa NS, Lebrun MH, Job D, Rakwal R (febrero de 2010). "Secretoma de las plantas: desvelando los secretos de las proteínas secretadas". Proteómica . 10 (4): 799–827. doi :10.1002/pmic.200900514. PMID  19953550. S2CID  20647387.
  3. ^ Hynes, RO; Naba, A. (21 de septiembre de 2011). "Descripción general del matrisoma: un inventario de los componentes y funciones de la matriz extracelular". Cold Spring Harbor Perspectives in Biology . 4 (1): a004903. doi :10.1101/cshperspect.a004903. PMC 3249625 . PMID  21937732. 
  4. ^ Ben-Shlomo, I.; Yu Hsu, S.; Rauch, R.; Kowalski, HW; Hsueh, AJW (17 de junio de 2003). "Receptoma de señalización: una perspectiva genómica y evolutiva de los receptores de membrana plasmática implicados en la transducción de señales". Science Signaling . 2003 (187): re9. doi :10.1126/stke.2003.187.re9. PMID  12815191. S2CID  12803444.
  5. ^ Zaidel-Bar, Ronen; Itzkovitz, Shalev; Ma'ayan, Avi; Iyengar, Ravi; Geiger, Benjamin (agosto de 2007). "Atlas funcional del adhesoma de integrina". Nature Cell Biology . 9 (8): 858–867. doi :10.1038/ncb0807-858. PMC 2735470 . PMID  17671451. 
  6. ^ Horton, Edward R.; Byron, Adam; Askari, Janet A.; Ng, Daniel HJ; Millon-Frémillon, Angélique; Robertson, Joseph; Koper, Ewa J.; Paul, Nikki R.; Warwood, Stacey; Knight, David; Humphries, Jonathan D.; Humphries, Martin J. (19 de octubre de 2015). "Definición de un adhesoma de integrina de consenso y su dinámica durante el ensamblaje y desensamblaje de complejos de adhesión". Nature Cell Biology . 17 (12): 1577–1587. doi :10.1038/ncb3257. PMC 4663675 . PMID  26479319. 
  7. ^ Uhlén M, Fagerberg L, Hallström BM, Lindskog C, Oksvold P, Mardinoglu A, et al. (enero de 2015). "Proteómica. Mapa tisular del proteoma humano". Science . 347 (6220): 1260419. doi :10.1126/science.1260419. PMID  25613900. S2CID  802377.
  8. ^ Xu R, Greening DW, Zhu HJ, Takahashi N, Simpson RJ (abril de 2016). "Aislamiento y caracterización de vesículas extracelulares: hacia la aplicación clínica". The Journal of Clinical Investigation . 126 (4): 1152–62. doi :10.1172/JCI81129. PMC 4811150 . PMID  27035807. 
  9. ^ ab Mukherjee P, Mani S (noviembre de 2013). "Metodologías para descifrar el secretoma celular". Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Proteínas y proteómica . 1834 (11): 2226–32. doi :10.1016/j.bbapap.2013.01.022. PMC 3652893. PMID  23376189 . 

Lectura adicional