Los riboswitches di-GMP-II cíclicos (también riboswitches c-di-GMP-II ) forman una clase de riboswitches que se unen específicamente al di-GMP cíclico , [1] un segundo mensajero utilizado en múltiples procesos bacterianos como la virulencia , la motilidad y la formación de biopelículas . Los riboswitches di-GMP II cíclicos no están relacionados estructuralmente con los riboswitches di-GMP-I cíclicos , aunque tienen la misma función.
Los riboswitches cíclicos di-GMP-II fueron descubiertos por bioinformática y son comunes en especies de la clase Clostridia y del género Deinococcus . También se encuentran en otros linajes bacterianos . Existe una superposición significativa entre las especies que utilizan riboswitches cíclicos di-GMP-I y di-GMP-II, ya que ambas clases de riboswitches son comunes en Clostridia.
En las cepas de Clostridioides difficile (bacterias) , se encuentra un riboswitch di-GMP-II cíclico adyacente a un intrón catalítico del grupo I. Los intrones del grupo I son ribozimas que catalizan el empalme de la molécula de ARN en la que están incrustados. En el caso asociado al riboswitch, el resultado de la reacción de empalme catalizada por el intrón es controlado por el riboswitch en respuesta a los niveles de di-GMP cíclico. [1] La reacción de empalme también está regulada in vitro por los niveles de trifosfato de guanosina , ya que los intrones del grupo I requieren un derivado de guanosina para su actividad. [1]
Los intrones del grupo I funcionan como parte de elementos egoístas, donde reducen la probabilidad de que el elemento afecte negativamente la aptitud del huésped al interrumpir un gen codificador de proteínas . Sin embargo, el intrón del grupo I asociado con un riboswitch di-GMP-II cíclico no es egoísta ya que parece realizar una función útil para la célula. También muestran que las células naturales utilizan ribozimas alostéricas para regular la expresión génica, un mecanismo comúnmente utilizado en aptámeros diseñados pero que no se había observado previamente en la naturaleza.
Los riboswitches cíclicos di-GMP-II son una estructura pseudonudada . La mayoría de estos riboswitches conservan un motivo estructural de giro en espiral que permite una curvatura en el tallo relevante, presumiblemente facilitando el pseudonudo. Varias posiciones de nucleótidos están altamente conservadas, y muchas alrededor de los bucles terminales participan en la interacción del pseudonudo.