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Conmutador ribosómico TPP

El riboswitch TPP , también conocido como elemento THI y riboswitch Thi-box , es una estructura secundaria de ARN altamente conservada . Actúa como un riboswitch [1] [2] que se une al pirofosfato de tiamina (TPP) directamente y modula la expresión génica a través de una variedad de mecanismos en arqueas , bacterias y eucariotas . [3] [4] [5] El TPP es la forma activa de la tiamina ( vitamina B 1 ), una coenzima esencial sintetizada mediante el acoplamiento de fracciones de pirimidina y tiazol en bacterias . El elemento THI es una extensión de un elemento regulador de tiamina detectado previamente, la caja thi, existe una variabilidad considerable en la longitud predicha y las estructuras de los bucles de tallo adicionales y facultativos representados en azul oscuro en el diagrama de estructura secundaria [6] El análisis de las estructuras de operones ha identificado una gran cantidad de nuevos genes candidatos regulados por tiamina , principalmente transportadores, en varios organismos procariotas. [7] Se ha resuelto la estructura cristalina de rayos X del aptámero riboswitch TPP. [8]

Véase también

Referencias

  1. ^ Winkler W, Nahvi A, Breaker RR (octubre de 2002). "Los derivados de tiamina se unen a los ARN mensajeros directamente para regular la expresión génica bacteriana". Nature . 419 (6910): 952–956. Bibcode :2002Natur.419..952W. doi :10.1038/nature01145. PMID  12410317. S2CID  4408592.
  2. ^ Mironov AS, Gusarov I, Rafikov R, Lopez LE, Shatalin K, Kreneva RA, Perumov DA, Nudler E (noviembre de 2002). "Detección de moléculas pequeñas mediante ARN naciente: un mecanismo para controlar la transcripción en bacterias". Celúla . 111 (5): 747–756. doi : 10.1016/S0092-8674(02)01134-0 . PMID  12464185.
  3. ^ Sudarsan N, Barrick JE, Breaker RR (junio de 2003). "Los dominios de ARN que se unen a metabolitos están presentes en los genes de los eucariotas". ARN . 9 (6): 644–647. doi :10.1261/rna.5090103. PMC 1370431 . PMID  12756322. 
  4. ^ Bocobza S, Adato A, Mandel T, Shapira M, Nudler E, Aharoni A (noviembre de 2007). "Regulación génica dependiente de riboswitch y su evolución en el reino vegetal". Genes & Development . 21 (22): 2874–2879. doi :10.1101/gad.443907. PMC 2049190 . PMID  18006684. 
  5. ^ Kubodera T, Watanabe M, Yoshiuchi K, Yamashita N, Nishimura A, Nakai S, Gomi K, Hanamoto H (diciembre de 2003). "La expresión génica regulada por tiamina de thiA de Aspergillus oryzae requiere el empalme del intrón que contiene un dominio similar a un riboswitch en el 5'-UTR". FEBS Letters . 555 (3): 516–520. Bibcode :2003FEBSL.555..516K. doi : 10.1016/S0014-5793(03)01335-8 . PMID  14675766.
  6. ^ Rodionov DA, Vitreschak AG, Mironov AA, Gelfand MS (diciembre de 2002). "Genómica comparativa de la biosíntesis de tiamina en procariotas. Nuevos genes y mecanismos reguladores". The Journal of Biological Chemistry . 277 (50): 48949–48959. doi : 10.1074/jbc.M208965200 . PMID  12376536.
  7. ^ Miranda-Ríos J, Navarro M, Soberón M (agosto de 2001). "Una estructura de ARN conservada (thi box) está involucrada en la regulación de la expresión génica de la biosíntesis de tiamina en bacterias". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 98 (17): 9736–9741. doi : 10.1073/pnas.161168098 . PMC 55522 . PMID  11470904. 
  8. ^ Serganov A, Polonskaia A, Phan AT, Breaker RR, Patel DJ (junio de 2006). "Base estructural para la regulación génica por un riboswitch sensible al pirofosfato de tiamina". Nature . 441 (7097): 1167–1171. Bibcode :2006Natur.441.1167S. doi :10.1038/nature04740. PMC 4689313 . PMID  16728979. 
  9. ^ Edwards TE, Ferré-D'Amaré AR (septiembre de 2006). "Las estructuras cristalinas del riboswitch thi-box unido a análogos de pirofosfato de tiamina revelan un reconocimiento adaptativo de moléculas pequeñas de ARN". Structure . 14 (9): 1459–1468. doi :10.1016/j.str.2006.07.008. PMID  16962976.

Enlaces externos

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