Por el contrario, una sustitución radicalaria , o sustitución radicalaria , es una sustitución de aminoácidos que intercambia un aminoácido inicial por un aminoácido final con diferentes propiedades fisicoquímicas. [1]
Descripción
Un alineamiento de secuencias múltiples , producido por ClustalO , de cinco proteínas histonas H1 de mamíferos . Las secuencias son los aminoácidos de los residuos 120-180 de las proteínas. Los residuos que se conservan en todas las secuencias se resaltan en gris. Debajo de cada sitio (es decir, posición) de la alineación de la secuencia de proteínas hay una clave que indica sitios conservados (*), sitios con reemplazos conservadores (:), sitios con reemplazos semiconservadores (.) y sitios con reemplazos no conservadores (). . Esta clave utiliza PAM250 como medida de similitud. [3]
Aunque hay muchas formas de clasificar los aminoácidos, a menudo se clasifican en seis clases principales según su estructura y las características químicas generales de sus cadenas laterales (grupos R).
Las distancias fisicoquímicas tienen como objetivo cuantificar la disimilitud intraclase e interclase entre aminoácidos en función de sus propiedades mensurables, y muchas medidas de este tipo se han propuesto en la literatura. [4] Debido a su simplicidad, dos de las medidas más utilizadas son las de Grantham (1974) [5] y Miyata et al (1979). [6] Una sustitución conservadora es, por tanto, un intercambio entre dos aminoácidos separados por una pequeña distancia fisicoquímica. Por el contrario, una sustitución radicalaria es un intercambio entre dos aminoácidos separados por una gran distancia fisicoquímica. [4]
Impacto en la función
Los reemplazos conservadores de proteínas a menudo tienen un mejor efecto sobre la función que los reemplazos no conservadores. El efecto reducido de los reemplazos conservadores sobre la función también se puede observar en la aparición de diferentes reemplazos en la naturaleza. Es mucho más probable que los reemplazos no conservadores entre proteínas sean eliminados por selección natural debido a sus efectos nocivos.
^ ab Zhang, Jianzhi (1 de enero de 2000). "Tasas de sustituciones de nucleótidos no sinónimos conservadoras y radicales en genes nucleares de mamíferos". Revista de evolución molecular . 50 (1): 56–68. Código Bib : 2000JMolE..50...56Z. CiteSeerX 10.1.1.584.896 . doi :10.1007/s002399910007. ISSN 0022-2844. PMID 10654260. S2CID 15248867.
^ Dagan, Tal; Talmor, Yael; Graur, Dan (1 de julio de 2002). "Las proporciones de reemplazo de aminoácidos radicales y conservadores se ven afectadas por factores mutacionales y de composición y pueden no ser indicativas de una selección darwiniana positiva". Biología Molecular y Evolución . 19 (7): 1022-1025. doi : 10.1093/oxfordjournals.molbev.a004161. ISSN 0737-4038. PMID 12082122.
^ "Preguntas frecuentes sobre #Símbolos de Clustal". Clustal . Archivado desde el original el 24 de octubre de 2016 . Consultado el 8 de diciembre de 2014 .
^ ab Graur, Dan (3 de agosto de 2015). "Reemplazos de aminoácidos radicales y conservadores". Juez Starling . Consultado el 11 de marzo de 2018 .
^ Grantham, R. (6 de septiembre de 1974). "Fórmula de diferencia de aminoácidos para ayudar a explicar la evolución de las proteínas". Ciencia . 185 (4154): 862–864. Código Bib : 1974 Ciencia... 185.. 862G. doi : 10.1126/ciencia.185.4154.862. ISSN 0036-8075. PMID 4843792. S2CID 35388307.
^ Miyata, Takashi; Miyazawa, Sanzo; Yasunaga, Teruo (1 de marzo de 1979). "Dos tipos de sustituciones de aminoácidos en la evolución de proteínas". Revista de evolución molecular . 12 (3): 219–236. Código Bib : 1979JMolE..12..219M. doi :10.1007/BF01732340. ISSN 1432-1432. PMID 439147. S2CID 20978738.
