El episcopado de la Iglesia Católica en Japón está formado únicamente por una jerarquía latina, unida en la Conferencia de Obispos Católicos de Japón .
Comprende quince territorios eclesiásticos, llamados (arqui) diócesis , dirigidos por obispos prelados residenciales : tres arquidiócesis , dirigidas por arzobispos metropolitanos , cuyas provincias eclesiásticas de la Iglesia Católica Romana incluyen un total de doce sedes sufragáneas .
No existen jurisdicciones exentas católicas orientales, pre-diocesanas u otras.
No existen sedes titulares. Todas las jurisdicciones extintas tienen sedes sucesoras actuales.
Hay una Nunciatura Apostólica en Japón como representación diplomática papal a nivel de embajada en la capital nacional, Tokio.