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Estándares para informar datos enzimológicos

Los Estándares para informar datos enzimológicos (STRENDA) son una iniciativa como parte de los Estándares mínimos de información que se enfoca específicamente en el desarrollo de pautas para informar (describir metadatos) experimentos enzimológicos. La iniciativa cuenta con el apoyo del Instituto Beilstein para el Avance de las Ciencias Químicas . [1] STRENDA establece estándares de publicación para datos de actividad enzimática y STRENDA DB, un sistema electrónico de validación y almacenamiento de datos de actividad enzimática. Lanzada en 2004, la fundación de STRENDA es el resultado de un análisis detallado de la calidad de los datos enzimológicos en publicaciones escritas y electrónicas. [2] [3]

Organización

El proyecto STRENDA está impulsado por 15 científicos de todo el mundo que forman la Comisión STRENDA [4] y apoyan el trabajo con experiencia en bioquímica , nomenclatura de enzimas, bioinformática , biología de sistemas , modelización, enzimología mecanicista y biología teórica .

Directrices para la presentación de informes

Las Directrices STRENDA [5] proponen la información mínima que se necesita para informar de manera integral los datos cinéticos y de equilibrio de las investigaciones de las actividades enzimáticas, incluidas las condiciones experimentales correspondientes. Se sugiere abordar esta información mínima en una publicación científica cuando se informen datos de investigación enzimológica para garantizar que los conjuntos de datos se describan de manera integral. Esto permite a los científicos no solo revisar, interpretar y corroborar los datos, sino también reutilizarlos para modelar y simular vías biocatalíticas. Además, las directrices ayudan a los investigadores a hacer que sus datos experimentales sean reproducibles y transparentes. [6] [7] [8] [9]

En marzo de 2020, más de 55 revistas internacionales de bioquímica incluyeron las Directrices STRENDA en las instrucciones de sus autores como recomendaciones al informar datos enzimológicos. [10] El proyecto STRENDA está registrado en FAIRsharing.org [11] y las Directrices son parte de los estándares de la Comunidad FAIRDOM para Biología de Sistemas. [12]

Aplicaciones

STRENDA DB

STRENDA DB [13] es una plataforma de búsqueda y almacenamiento basada en la web que ha incorporado las Directrices y verifica automáticamente que los datos enviados cumplan con las Directrices STRENDA, garantizando así que los conjuntos de datos del manuscrito estén completos y sean válidos. A un conjunto de datos válido se le otorga un Número de Registro STRENDA (SRN) y se crea una hoja informativa (PDF) que contiene todos los datos enviados. Cada conjunto de datos se registra en Datacite y se le asigna un DOI para consultar y rastrear los datos. Después de la publicación del manuscrito en una revista revisada por pares, los datos en STRENDA DB se vuelven accesibles. [14] [15] STRENDA DB es un repositorio recomendado por re3data y OpenDOAR . Es recolectado por OpenAIRE. El servicio de base de datos se recomienda en las instrucciones de los autores de más de 10 revistas de bioquímica, incluidas Nature, The Journal of Biological Chemistry, eLife y PLoS. Se ha referido como una herramienta estándar para la validación y almacenamiento de datos de cinética enzimática en múltiples publicaciones [16] [17] [18] [19] [20] [21] Un estudio reciente que examina once publicaciones, incluida información de respaldo, de Dos revistas importantes revelaron que se encontró al menos una omisión en cada uno de estos artículos. Los autores concluyeron que utilizar STRENDA DB en la versión actual garantizaría que aproximadamente el 80% de la información relevante estuviera disponible. [22]

Gestión de datos

STRENDA DB se considera una herramienta para la gestión de datos de investigación por parte de la comunidad investigadora (por ejemplo, el proyecto de la UE CARBAFIN [23] ).

Referencias

  1. ^ "Strenda - Proyectos - Beilstein-Institut zur Förderung der Chemischen Wissenschaften". www.beilstein-institut.de .
  2. ^ Kettner, Carsten; Hicks, Martin (1 de junio de 2005). "El dilema de la enzimología funcional moderna". Inhibición enzimática actual . 1 (2): 171–181. doi :10.2174/1573408054022234.
  3. ^ Apweiler, R; Cornish-Bowden, A; Hofmeyr, JH; Kettner, C; Leyh, TS; Schomburg, D; Tipton, K (enero de 2005). "La importancia de la uniformidad en la presentación de datos sobre la función de las proteínas". Tendencias en Ciencias Bioquímicas . 30 (1): 11-2. doi :10.1016/j.tibs.2004.11.002. PMID  15653320.
  4. ^ "Comisión - Strenda - Proyectos - Beilstein-Institut zur Förderung der Chemischen Wissenschaften". www.beilstein-institut.de .
  5. ^ "Directrices - Strenda - Proyectos - Beilstein-Institut zur Förderung der Chemischen Wissenschaften". www.beilstein-institut.de .
  6. ^ Tipton, Keith F.; Armstrong, Richard N.; Bakker, Barbara M.; Bairoch, Amós; Cornish-Bowden, Athel; Halling, Peter J.; Hofmeyr, Jan-Hendrik; Leyh, Thomas S.; Kettner, Carsten; Raushel, Frank M.; Rohwer, Johann; Schomburg, Dietmar; Steinbeck, Christoph (mayo de 2014). "Estándares para informar datos sobre enzimas: el consorcio STRENDA: qué pretende hacer y por qué debería ser útil". Perspectivas de la ciencia . 1 (1–6): 131–137. doi : 10.1016/j.pisc.2014.02.012 .
  7. ^ Gardossi, Lucía; Poulsen, Puchero B.; Ballesteros, Antonio; Hult, Karl; Svedas, Vytas K.; Vasic-Racki, Durda; Carrea, Giacomo; Magnusson, Anders; Schmid, Andrés; Wohlgemuth, Roland; Halling, Peter J. (abril de 2010). "Pautas para la notificación de reacciones biocatalíticas". Tendencias en Biotecnología . 28 (4): 171–180. doi :10.1016/j.tibtech.2010.01.001. PMID  20149467.
  8. ^ Erb, Tobias J. (febrero de 2019). "Regreso al futuro: por qué necesitamos la enzimología para construir un metabolismo sintético para el futuro". Revista Beilstein de Química Orgánica . 15 : 551–557. doi : 10.3762/bjoc.15.49 . PMC 6404388 . PMID  30873239. S2CID  76665217. 
  9. ^ Gygli, Gudrun; Pleiss, Juergen (abril de 2020). "Fundición de simulación: modelado molecular automatizado y FAIR". Revista de información y modelado químico . 60 (4): 1922-1927. doi : 10.1021/acs.jcim.0c00018. PMID  32240586. S2CID  214772277.
  10. ^ "Revistas - Strenda - Proyectos - Beilstein-Institut zur Förderung der Chemischen Wissenschaften". www.beilstein-institut.de .
  11. ^ Equipo FAIRsharing (2015). "STRENDA en FAIRsharing.org". Compartir de forma JUSTA. doi : 10.25504/FAIRsharing.8ntfwm. {{cite journal}}: Citar diario requiere |journal=( ayuda )
  12. ^ "Estándares comunitarios FAIRDOM para biología de sistemas".
  13. ^ "Inicio de STRENDA DB". www.beilstein-strenda-db.org .
  14. ^ Apweiler, Rolf; Armstrong, Ricardo; Bairoch, Amós; Cornish-Bowden, Athel; Halling, Peter J; Hofmeyr, Jan-Hendrik S; Kettner, Carsten; Leyh, Thomas S; Rohwer, Johann; Schomburg, Dietmar; Steinbeck, Christoph; Tipton, Keith (18 de octubre de 2010). "Una base de datos de funciones de proteínas a gran escala". Biología Química de la Naturaleza . 6 (11): 785. doi : 10.1038/nchembio.460 . PMC 3245624 . PMID  20956966. 
  15. ^ Swainston, Neil; Baici, Antonio; Bakker, Barbara M.; Cornish-Bowden, Athel; Fitzpatrick, Paul F.; Halling, Peter; Leyh, Thomas S.; O'Donovan, Claire; Raushel, Frank M.; Reschel, Udo; Rohwer, Johann M.; Schnell, Santiago; Schomburg, Dietmar; Tipton, Keith F.; Tsai, Ming-Daw; Westerhoff, Hans V.; Wittig, Ulrike; Wohlgemuth, Roland; Kettner, Carsten (23 de marzo de 2018). "STRENDA DB: permitir la validación e intercambio de datos de cinética enzimática". El Diario FEBS . 285 (12): 2193–2204. doi : 10.1111/febrero.14427 . PMC 6005732 . PMID  29498804. 
  16. ^ Fademrecht, Silvia; Pleiss, Jürgen (2018). "Enzymmodellierung: von der Sequenz zum Substratkomplex". Einführung in die Enzymtechnologie (en alemán). Saltador. págs. 35–51. doi :10.1007/978-3-662-57619-9_3. ISBN 978-3-662-57619-9.
  17. ^ Cornish-Bowden, Athel (2012). Fundamentos de la cinética de enzimas (4ª, rev. y edición ampliada). Wiley-VCH. págs. 413–450. ISBN 978-3-527-33074-4.
  18. ^ Emmerich, Christoph H.; Harris, Christopher M. (2020). "Estándares mínimos de información y calidad para la realización, presentación de informes y organización de investigaciones in vitro". Buenas prácticas de investigación en farmacología y biomedicina no clínica . Manual de farmacología experimental. vol. 257. Publicaciones internacionales Springer. págs. 177-196. doi : 10.1007/164_2019_284 . ISBN 978-3-030-33656-1. PMID  31628600.
  19. ^ Punekar, NS (2018). "Buenas Prácticas Cinéticas". ENZIMAS: Catálisis, Cinética y Mecanismos . Saltador. págs. 131-142. doi :10.1007/978-981-13-0785-0_13. ISBN 978-981-13-0785-0.
  20. ^ Academias Nacionales de Ciencias, Ingeniería (2018). Ciencia abierta por diseño: hacer realidad una visión para la investigación del siglo XXI. ISBN 978-0-309-47624-9.
  21. ^ Harmer, Nicolás J.; Vega, Mirella Vivoli (2019). "Cinética química de reacciones en biología". Técnicas Biomoleculares y Bioanalíticas . John Wiley & Sons, Ltd. págs. 179–217. doi :10.1002/9781119483977.ch9. ISBN 978-1-119-48397-7. S2CID  133422670.
  22. ^ Halling, Peter; Fitzpatrick, Paul F.; Raushel, Frank M.; Rohwer, Johann; Schnell, Santiago; Wittig, Ulrike; Wohlgemuth, Roland; Kettner, Carsten (noviembre de 2018). "Un análisis empírico de los informes de la función enzimática para la reproducibilidad experimental: información faltante o incompleta en los artículos publicados". Química Biofísica . 242 : 22-27. doi :10.1016/j.bpc.2018.08.004. PMC 6258184 . PMID  30195215. 
  23. ^ "Módulo de descarga de documentos". ec.europa.eu .

Referencias externas