La Ontología para Investigaciones Biomédicas ( OBI ) es una ontología integrada de acceso abierto para la descripción de investigaciones biológicas y clínicas. [1] OBI proporciona un modelo para el diseño de una investigación, los protocolos e instrumentación utilizados, los materiales utilizados, los datos generados y el tipo de análisis realizado sobre la misma. El proyecto se está desarrollando como parte de OBO Foundry y, como tal, se adhiere a todos los principios allí contenidos, como la cobertura ortogonal (es decir, una clara delimitación de otras ontologías miembros de la fundición) y el uso de un lenguaje formal común. En OBI, el lenguaje formal común utilizado es el lenguaje de ontología web (OWL). En marzo de 2008, una versión preliminar de la ontología estuvo disponible en el repositorio SVN del proyecto . [2]
La Ontología para Investigaciones Biomédicas (OBI) aborda la necesidad de vocabularios controlados para apoyar la integración y el análisis conjunto ("cross-omics") de datos experimentales, una necesidad identificada originalmente en el dominio de la transcriptómica por la Sociedad FGED , que desarrolló la Ontología MGED como un recurso de anotación para datos de microarrays. Smith B, Ashburner M, Rosse C, Bard J, Bug W, Ceusters W, et al. (noviembre de 2007). "The OBO Foundry: evolución coordinada de ontologías para apoyar la integración de datos biomédicos". Biotecnología de la Naturaleza . 25 (11): 1251–5. doi :10.1038/nbt1346. PMC 2814061 . PMID 17989687.OBI utiliza la ontología formal básica [3] ontología de nivel superior como un medio para describir entidades generales que no pertenecen a un dominio de problema específico. Como tal, todas las clases OBI son subclases de alguna clase BFO.
La ontología tiene el alcance de modelar todas las investigaciones biomédicas y como tal contiene términos ontológicos para aspectos tales como:
Aspectos menos "concretos", como el papel que una determinada entidad puede desempeñar en un escenario particular (por ejemplo, el papel de un compuesto químico en un experimento) y la función de una entidad (por ejemplo, la función digestiva del estómago para nutrir el cuerpo). ) también están cubiertos en la ontología.
La ontología MGED fue identificada originalmente en el dominio de la transcriptómica por la Sociedad FGED y fue desarrollada para abordar las necesidades de integración de datos. Tras una decisión mutua de colaborar, este esfuerzo se convirtió más tarde en una colaboración más amplia entre grupos como FGED, PSI y MSI en respuesta a las necesidades de áreas como la transcriptómica, la proteómica y la metabolómica y se creó el FuGO (Ontología de Investigación de Genómica Funcional) [4]. creado. Posteriormente se convirtió en el OBI, que abarca un ámbito más amplio de todas las investigaciones biomédicas.
Como iniciativa internacional de dominios cruzados, el consorcio OBI recurre a un grupo de expertos de una variedad de campos, no limitados a la biología. La lista actual de miembros del consorcio OBI está disponible en el sitio web del consorcio OBI. El consorcio está formado por un comité coordinador que es una combinación de dos subgrupos, el Representante de la Comunidad (aquellos que representan una comunidad biomédica particular) y los Desarrolladores Principales (desarrolladores de ontologías que pueden o no ser miembros de una sola comunidad). Aparte del comité coordinador está el Grupo de Trabajo de Desarrolladores, que está formado por desarrolladores dentro de las comunidades que colaboran en el desarrollo de OBI a discreción de los miembros actuales del Consorcio OBI.