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El consorcio myGrid produce y utiliza un conjunto de herramientas diseñadas para “ayudar a los científicos electrónicos a trabajar en la ciencia y a trabajar con los científicos”. Las herramientas respaldan la creación de laboratorios electrónicos y se han utilizado en dominios tan diversos como la biología de sistemas , las ciencias sociales , la música , la astronomía [1] , la multimedia y la química . [2] [3]

El consorcio está dirigido por Carole Goble del Departamento de Ciencias de la Computación de la Universidad de Manchester , Reino Unido.

Herramientas producidas y utilizadas por myGrid

Las herramientas desarrolladas por el consorcio myGrid incluyen:

Historia

El consorcio tiene tres fases distintas:

Fase 1

El consorcio se formó en 2001, reuniendo a colaboradores de las Universidades de Manchester , Southampton , Newcastle , Nottingham y Sheffield , el Laboratorio Europeo de Biología Molecular - Instituto Europeo de Bioinformática [22] (EMBL-EBI) en Cambridge, y socios industriales GlaxoSmithKline , Merck KGaA , AstraZeneca , Sun Microsystems , IBM , GeneticXchange, Epistemics y Cerebra, (anteriormente Network Inference). El Consejo de Investigación en Ingeniería y Ciencias Físicas del Reino Unido financió la primera fase del proyecto con £3,5 millones. [23]

Hasta la fecha, el desarrollo de Grid se ha centrado en los aspectos básicos de almacenamiento, computación y gestión de recursos necesarios para que la información y las herramientas de una comunidad científica global sean accesibles en un entorno de alto rendimiento. Sin embargo, desde el punto de vista de la e-ciencia, el propósito de Grid es ofrecer un entorno colaborativo y de apoyo que permita a los científicos distribuidos geográficamente alcanzar sus objetivos de investigación de manera más eficaz. MyGrid diseñará, desarrollará y demostrará funcionalidades de nivel superior sobre una infraestructura Grid existente que ayuden a los científicos a hacer uso de recursos distribuidos complejos.

El proyecto ha desarrollado un banco de trabajo de e-ciencia llamado Taverna [4] [5] [6] que soporta:

El proyecto myGrid también ha desarrollado myExperiment para permitir compartir flujos de trabajo científicos de Taverna y otros sistemas de flujo de trabajo científico .

El entorno de trabajo Taverna apoya a los científicos individuales al proporcionarles funciones de personalización relacionadas con la selección de recursos, la gestión de datos y la implementación de procesos. La actividad de diseño y desarrollo se basará en problemas de bioinformática, que se caracteriza por una comunidad altamente distribuida y con muchos recursos de herramientas compartidas, y se evaluará utilizando estos. myGrid desarrollará dos entornos de aplicación: uno que apoya a los científicos individuales en el análisis de datos genómicos funcionales y otro que apoya la anotación de una base de datos de patrones . Ambas tareas requieren la representación y la implementación explícitas de procesos científicos y tienen requisitos de rendimiento exigentes.

Fase 2

En la fase 2, de 2006 a 2009, el consorcio recibió una financiación de 2 millones de libras [24] como parte del Open Middleware Infrastructure Institute . La membresía del consorcio se concentró en la Universidad de Manchester y EMBL-EBI .

Fase 3

En diciembre de 2008, el Consejo de Investigación en Ingeniería y Ciencias Físicas del Reino Unido aprobó la propuesta de renovación de la subvención del equipo. La subvención es de 1,15 millones de libras esterlinas [25] y comenzó en enero de 2009. Los miembros del equipo myGrid para la Fase 3 son la Universidad de Manchester y la Universidad de Southampton . El proyecto está organizado en torno a 4 temas: Gestión del conocimiento para la e-ciencia, Gestión de metadatos en laboratorios electrónicos, Diseño, gestión y puesta en práctica del flujo de trabajo científico, y Computación social para científicos electrónicos. El tema de Computación social está orientado en torno al entorno de investigación virtual (VRE) myExperiment [7 ] para la curación social y el intercambio de objetos de investigación científica .

Referencias

  1. ^ Gancho, enfermera registrada; Romaniello, M.; Ullgren, M.; Järveläinen, P.; Maisala, S.; Oittinen, T.; Savolainen, V.; Solín, O.; Tyynelä, J.; Perón, M.; Izzo, C.; Licha, T. (2008). "ESO Reflex: un motor de flujo de trabajo gráfico para ejecutar recetas". "Taller de calibración de instrumentos de ESO 2007" . Simposio de Astrofísica de ESO Observatorio Europeo Austral. pag. 169. doi :10.1007/978-3-540-76963-7_23. ISBN 978-3-540-76962-0.
  2. ^ Stevens, RD ; Robinson, AJ; Goble, CA (2003). "MyGrid: Bioinformática personalizada en la red de información". Bioinformática . 19 : i302–i304. doi : 10.1093/bioinformatics/btg1041 . PMID  12855473.
  3. ^ Stevens, RD ; Tipney, HJ; Wroe, CJ; Oinn, TM; Senger, M.; Lord, PW; Goble, CA ; Brass, A. ; Tassabehji, M. (2004). "Explorando el síndrome de Williams-Beuren usando myGrid". Bioinformática . 20 : i303–i310. doi :10.1093/bioinformatics/bth944. PMID  15262813.
  4. ^ ab Hull, D.; Wolstencroft, K.; Stevens, R .; Goble, CA ; Pocock, MR; Li, P.; Oinn, T. (2006). "Taverna: una herramienta para crear y ejecutar flujos de trabajo de servicios". Nucleic Acids Research . 34 (número de servidor web): W729–W732. doi :10.1093/nar/gkl320. PMC 1538887 . PMID  16845108.  Icono de acceso abierto
  5. ^ ab Oinn, T.; Greenwood, M.; Addis, M.; Alpdemir, MN; Ferris, J.; Glover, K.; Goble, C .; Goderis, A.; Hull, D.; Marvin, D.; Li, P.; Lord, P.; Pocock, MR; Senger, M.; Stevens, R.; Wipat, A.; Wroe, C. (2006). "Taverna: Lecciones en la creación de un entorno de flujo de trabajo para las ciencias de la vida" (PDF) . Concurrencia y computación: práctica y experiencia . 18 (10): 1067–1100. doi :10.1002/cpe.993. S2CID  10219281.
  6. ^ ab Oinn, T.; Li, P.; Kell, DB ; Goble, CA ; Goderis, A.; Greenwood, M.; Hull, D.; Stevens, R. ; Turi, D.; Zhao, J. (2007). "Taverna/MyGrid: Alineación de un sistema de flujo de trabajo con la comunidad de ciencias de la vida". Flujos de trabajo para la e-ciencia . págs. 300–319. doi :10.1007/978-1-84628-757-2_19. ISBN 978-1-84628-519-6.
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