El consorcio myGrid produce y utiliza un conjunto de herramientas diseñadas para “ayudar a los científicos electrónicos a trabajar en la ciencia y a trabajar con los científicos”. Las herramientas respaldan la creación de laboratorios electrónicos y se han utilizado en dominios tan diversos como la biología de sistemas , las ciencias sociales , la música , la astronomía [1] , la multimedia y la química . [2] [3]
El consorcio está dirigido por Carole Goble del Departamento de Ciencias de la Computación de la Universidad de Manchester , Reino Unido.
Herramientas producidas y utilizadas por myGrid
Las herramientas desarrolladas por el consorcio myGrid incluyen:
- El banco de trabajo Taverna para diseñar, editar y ejecutar flujos de trabajo científicos [4] [5] [6]
- myExperiment para compartir flujos de trabajo y datos relacionados [7]
- BioCatálogo, un registro público de servicios web para científicos de la vida [8]
- Seek [9] [10] producido en colaboración con SysModb: Base de datos de biología de sistemas de microorganismos [11] [12] Búsqueda, intercambio y compartición de datos, modelos y procesos en biología de sistemas
- MethodBox [13] [14] Explore conjuntos de datos y comparta conocimientos.
- RightField [15] [16] Cómo compartir el significado de sus datos mediante la incorporación de anotaciones de ontología en hojas de cálculo
- Base de datos de vías urinarias y renales (KUPKB) [17] [18] [19]
- Flujos de trabajo para siempre (wf4ever) [20] [21] Preservación del flujo de trabajo científico
Historia
El consorcio tiene tres fases distintas:
Fase 1
El consorcio se formó en 2001, reuniendo a colaboradores de las Universidades de Manchester , Southampton , Newcastle , Nottingham y Sheffield , el Laboratorio Europeo de Biología Molecular - Instituto Europeo de Bioinformática [22] (EMBL-EBI) en Cambridge, y socios industriales GlaxoSmithKline , Merck KGaA , AstraZeneca , Sun Microsystems , IBM , GeneticXchange, Epistemics y Cerebra, (anteriormente Network Inference). El Consejo de Investigación en Ingeniería y Ciencias Físicas del Reino Unido financió la primera fase del proyecto con £3,5 millones. [23]
Hasta la fecha, el desarrollo de Grid se ha centrado en los aspectos básicos de almacenamiento, computación y gestión de recursos necesarios para que la información y las herramientas de una comunidad científica global sean accesibles en un entorno de alto rendimiento. Sin embargo, desde el punto de vista de la e-ciencia, el propósito de Grid es ofrecer un entorno colaborativo y de apoyo que permita a los científicos distribuidos geográficamente alcanzar sus objetivos de investigación de manera más eficaz. MyGrid diseñará, desarrollará y demostrará funcionalidades de nivel superior sobre una infraestructura Grid existente que ayuden a los científicos a hacer uso de recursos distribuidos complejos.
El proyecto ha desarrollado un banco de trabajo de e-Ciencia llamado Taverna [4] [5] [6] que soporta:
- el proceso científico de investigación experimental, acumulación de evidencia y asimilación de resultados;
- el uso que el científico hace de la información de la comunidad; y
- colaboración científica, permitiendo agrupaciones dinámicas para abordar problemas de investigación emergentes.
El proyecto myGrid también ha desarrollado myExperiment para permitir compartir flujos de trabajo científicos de Taverna y otros sistemas de flujo de trabajo científico .
El entorno de trabajo Taverna apoya a los científicos individuales al proporcionarles funciones de personalización relacionadas con la selección de recursos, la gestión de datos y la implementación de procesos. La actividad de diseño y desarrollo se basará en problemas de bioinformática, que se caracteriza por una comunidad altamente distribuida y con muchos recursos de herramientas compartidas, y se evaluará utilizando estos. myGrid desarrollará dos entornos de aplicación: uno que apoya a los científicos individuales en el análisis de datos genómicos funcionales y otro que apoya la anotación de una base de datos de patrones . Ambas tareas requieren la representación y la implementación explícitas de procesos científicos y tienen requisitos de rendimiento exigentes.
Fase 2
En la fase 2, de 2006 a 2009, el consorcio recibió una financiación de 2 millones de libras [24] como parte del Open Middleware Infrastructure Institute . La membresía del consorcio se concentró en la Universidad de Manchester y EMBL-EBI .
Fase 3
En diciembre de 2008, el Consejo de Investigación en Ingeniería y Ciencias Físicas del Reino Unido aprobó la propuesta de renovación de la subvención del equipo. La subvención es de 1,15 millones de libras esterlinas [25] y comenzó en enero de 2009. Los miembros del equipo myGrid para la Fase 3 son la Universidad de Manchester y la Universidad de Southampton . El proyecto está organizado en torno a 4 temas: Gestión del conocimiento para la e-ciencia, Gestión de metadatos en laboratorios electrónicos, Diseño, gestión y puesta en práctica del flujo de trabajo científico, y Computación social para científicos electrónicos. El tema de Computación social está orientado en torno al entorno de investigación virtual (VRE) myExperiment [7] para la curación social y el intercambio de objetos de investigación científica .
Referencias
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