Mimotopo

Un mimotopo es a menudo un péptido e imita la estructura de un epítopo . Debido a esta propiedad, provoca una respuesta de anticuerpos similar a la provocada por el epítopo. Un anticuerpo para un antígeno de epítopo determinado reconocerá un mimotopo que imita ese epítopo. Los mimotopos se obtienen comúnmente de bibliotecas de presentación de fagos a través de biopanning . Se están desarrollando vacunas que utilizan mimotopos. Los mimotopos son un tipo de aptámeros peptídicos .

Cuando Mario Geysen acuñó por primera vez el término mimotopo en 1986, ^[1] se utilizó para describir péptidos que imitaban epítopos. Sin embargo, este concepto se ha ampliado para referirse a péptidos imitadores de todo tipo de sitios de unión. Como imitador del sitio de unión, el análisis de mimotopos se ha utilizado ampliamente para mapear epítopos, ^[2] identificar dianas farmacológicas e inferir redes de interacción de proteínas. ^{[3] [4]} Además, el mimotopo también ha demostrado su potencial en el desarrollo de nuevos diagnósticos, ^[5] terapias ^[6] y vacunas. ^[7] Además, las afinidades especiales mediadas por mimotopos con varios semiconductores y otros materiales han demostrado ser muy prometedoras en nuevos estudios de materiales y nuevas energías. ^[8] Por lo tanto, merece la pena recopilar información sobre mimotopos en una base de datos especial. En 2010, se lanzó la versión 1.0 de la base de datos MimoDB . ^[9] Tenía 10716 péptidos agrupados en 1229 conjuntos. Estos péptidos se extrajeron de los resultados de biopanning de bibliotecas de péptidos aleatorios presentados en fagos informados en 571 artículos. La base de datos MimoDB se ha actualizado a la versión actual 2.0 muy recientemente. ^[10] En la versión 2.0, tiene 15633 péptidos recopilados de 849 artículos y agrupados en 1818 conjuntos. Además de los datos básicos sobre experimentos de panning y sus resultados, se incluye amplia información de fondo sobre el objetivo, la plantilla, la biblioteca y la estructura. También se ha compilado un punto de referencia adjunto para que los bioinformáticos desarrollen y evalúen sus nuevos modelos, algoritmos y programas. Además, la base de datos MimoDB proporciona herramientas para búsquedas simples y avanzadas, visualización de estructuras, BLAST y vista de alineación sobre la marcha. Los biólogos experimentales pueden usar fácilmente la base de datos como un control virtual para excluir posibles péptidos no relacionados con el objetivo. La base de datos MimoDB ^[11] está disponible de forma gratuita.

Referencias

1. Geysen, HM; Rodda, SJ; Mason, TJ (julio de 1986). "Delineación a priori de un péptido que imita un determinante antigénico discontinuo". Inmunología molecular . 23 (7): 709–15. doi :10.1016/0161-5890(86)90081-7. PMID  2432410.
2. Smith, GP; Petrenko, VA (1 de abril de 1997). "Presentación de fagos". Chemical Reviews . 97 (2): 391–410. doi :10.1021/cr960065d. PMID  11848876.
3. Tong, AH; Drees, B; Nardelli, G; Bader, GD; Brannetti, B; Castagnoli, L; Evangelista, M; Ferracuti, S; Nelson, B; Paoluzi, S; Quondam, M; Zucconi, A; Hogue, CW; Fields, S; Boone, C; Cesareni, G (11 de enero de 2002). "Una estrategia experimental y computacional combinada para definir redes de interacción de proteínas para módulos de reconocimiento de péptidos". Science . 295 (5553): 321–4. doi : 10.1126/science.1064987 . PMID  11743162. S2CID  17604414.
4. Thom, G; Cockroft, AC; Buchanan, AG; Candotti, CJ; Cohen, ES; Lowne, D; Monk, P; Shorrock-Hart, CP; Jermutus, L; Minter, RR (16 de mayo de 2006). "Investigación de una interacción proteína-proteína mediante evolución in vitro". Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 103 (20): 7619–24. Bibcode :2006PNAS..103.7619T. doi : 10.1073/pnas.0602341103 . PMC 1458619 . PMID  16684878. 
5. Hsiung, PL; Hardy, J; Friedland, S; Soetikno, R; Du, CB; Wu, AP; Sahbaie, P; Crawford, JM; Lowe, AW; Contag, CH; Wang, TD (abril de 2008). "Detección de displasia colónica in vivo utilizando un heptapéptido dirigido y microendoscopia confocal". Nature Medicine . 14 (4): 454–8. doi :10.1038/nm1692. PMC 3324975 . PMID  18345013. 
6. Macdougall, IC; Rossert, J; Casadevall, N; Stead, RB; Duliege, AM; Froissart, M; Eckardt, KU (5 de noviembre de 2009). "Un agonista del receptor de eritropoyetina basado en péptidos para la aplasia pura de glóbulos rojos". The New England Journal of Medicine . 361 (19): 1848–55. doi : 10.1056/NEJMoa074037 . PMID  19890127.
7. Knittelfelder, R; Riemer, AB; Jensen-Jarolim, E (abril de 2009). "Vacunación con mimotopos: de la alergia al cáncer". Opinión de expertos sobre terapia biológica . 9 (4): 493–506. doi :10.1517/14712590902870386. PMC 3049225 . PMID  19344285. 
8. Lee, YJ; Yi, H; Kim, WJ; Kang, K; Yun, DS; Strano, MS; Ceder, G; Belcher, AM (22 de mayo de 2009). "Fabricación de baterías de iones de litio de alta potencia diseñadas genéticamente utilizando múltiples genes de virus". Science . 324 (5930): 1051–5. Bibcode :2009Sci...324.1051L. doi : 10.1126/science.1171541 . PMID  19342549. S2CID  32017913.
9. Ru, B; Huang, J; Dai, P; Li, S; Xia, Z; Ding, H; Lin, H; Guo, F; Wang, X (15 de noviembre de 2010). "MimoDB: un nuevo repositorio para datos de mimotopos derivados de la tecnología de visualización de fagos". Molecules (Basilea, Suiza) . 15 (11): 8279–88. doi : 10.3390/molecules15118279 . PMC 6259156. PMID  21079566 . 
10. Huang, J; Ru, B; Zhu, P; Nie, F; Yang, J; Wang, X; Dai, P; Lin, H; Guo, FB; Rao, N (3 de noviembre de 2011). "MimoDB 2.0: una base de datos de mimotopos y más allá". Investigación de ácidos nucleicos . 40 (1): D271–7. doi :10.1093/nar/gkr922. PMC 3245166 . PMID  22053087. 
11. "La base de datos MimoDB". Archivado desde el original el 16 de noviembre de 2012. Consultado el 7 de noviembre de 2011 .