La hidrología del estrecho de Messina acoge una gran variedad de poblaciones de organismos marinos. Las intensas corrientes y la química característica de las aguas del estrecho determinan una biocenosis extraordinaria en el mar Mediterráneo con una elevada abundancia y diversidad de especies; el estrecho de Messina, por tanto, constituye un área de importancia fundamental para la biodiversidad . Las corrientes intensas y alternas, la baja temperatura y la abundancia de nitrógeno y fósforo transportados a la superficie desde aguas profundas sustentan tanto a poblaciones bentónicas pelágicas como costeras en un ciclo de sustancia orgánica.
Todo ello, con los fenómenos asociados, determina una reorganización ecológica que simula las condiciones atlánticas para las especies de distribución predominantemente occidental. De hecho, numerosas especies predominantemente atlánticas , como por ejemplo las laminarias ( algas de gran tamaño ), aunque presentes también en algunas otras zonas del Mediterráneo, sólo en el estrecho de Messina consiguen formar verdaderos bosques submarinos estructurados y son un testimonio de las óptimas condiciones ambientales que allí se dan.
Es importante destacar que las laminarias de baja profundidad ( Sacchoryza polyschides ), o las poblaciones profundas de Laminaria ochroleuca , y las comunidades vegetales asociadas son dependientes de las características físicas y biológicas del sustrato. Para completar su ciclo de vida, estos organismos demandan un sustrato sólido ya colonizado por algas coralinas , en ausencia del cual la colonización no puede tener lugar.
El estrecho de Messina, delimitado por las dos cuencas del Mediterráneo , la occidental y la oriental, constituye un importante punto de migración de las especies que habitan en cada una de ellas. En esta zona se unen comunidades planctónicas y bentónicas procedentes de ambas partes del océano Atlántico.
Las especies bentónicas de importancia son Pilumnus inermis , anteriormente considerada exclusivamente atlántica; Errina aspera (Hydrozoa), una famosa especie endémica del estrecho de Messina, en la que vive un caracol marino parásito ( Pedicularia sicula ); se encuentra entre 80 y 110 m. Otras especies son Ophiactis balli , los crustáceos Parthenope expansa y Portunus pelagicus y el percebe gigante, Pachylasma giganteum . También se atribuye gran importancia biológica y ecológica a las ya citadas Laminariales del estrecho Sacchoryza polyschides y Laminaria ochroleuca , de Albunea carabus y a la conspicua Pinna nobilis , la presencia calcárea de algas rojas e inmensas praderas de Posidonia oceanica que cubre amplias áreas y tiene una amplia distribución vertical.
De extrema importancia, debido a que se encuentran sólo en pequeñas áreas en el resto del Mediterráneo, son Phyllariopsis brevipes , Phyllariopsis purpurascens , Desmarestia dresnayi , Desmarestia ligulata , Desmarestia ramose y especies de Cryptopleura .
Desde el punto de vista faunístico el estrecho de Messina está considerado un “Paraíso del Zoólogo” por la enorme biodiversidad que lo caracteriza. Las especies de invertebrados bentónicos son las que suscitan mayor interés ya que se enriquecen con una gran variedad de formas y colores debido a la abundancia de Cnidarios (anémonas de mar, madréporas y corales). Un claro ejemplo es el “bosque” de Paramuricea clavata amarilla y roja . Éstas, añadidas al sustrato, crean un ambiente bentónico ideal para albergar a otras numerosas especies.
Otra particularidad del estrecho de Messina es la presencia de una variada y numerosa fauna batipelágica que, transportada a la superficie por la corriente ascendente procedente del Sur, puede ser fácilmente capturada aún viva en los puntos de mayor turbulencia, o bien encontrarse varada a lo largo de las costas tras condiciones meteorológicas adversas. Son ejemplos de ello Chauliodus sloani , Argyropelecus hemigymnus y Myctophum punctatum .
El estrecho de Messina es una importante ruta migratoria del mar Mediterráneo. Los más conocidos e importantes, desde un punto de vista económico, son los grandes peces pelágicos, es decir, el atún ( Thunnus thynnus ), el atún blanco ( Thunnus alalunga ), el bonito del Atlántico ( Sarda sarda ), el pez aguja del Mediterráneo ( Tetrapturus belone ) y el pez espada ( Xiphias gladius ). Los peces del estrecho se capturan con embarcaciones llamadas feluches o pequeñas embarcaciones de pesca a motor llamadas pasarelas . Estos peces pelágicos son activos exclusivos de esta parte del mar Mediterráneo. Solo en el estrecho, utilizando diversas técnicas, es posible capturar atunes durante todo el año y en todas las clases de edad (desde juveniles hasta adultos) ya que la población se mueve entre los mares Tirreno y Jónico . El estrecho de Messina también es una ruta establecida para la migración de cetáceos, y es probablemente la más importante del mar Mediterráneo en términos de diversidad de especies de ballenas. Además de las diversas especies de delfines , cabe destacar los rorcuales comunes ( Balaenoptera physalus ) y, en particular, los cachalotes , que migran a través del estrecho hacia su zona de cría, probablemente las islas Eolias . Los tiburones migran a través del estrecho de Messina, entre ellos el gran tiburón blanco ( Carcharodon carcharias ) y el tiburón de seis branquias ( Hexanchus griseus ).
La abundante presencia de fauna marina en el estrecho, aunque observada por zoólogos mucho antes, fue difundida por primera vez de manera efectiva por el científico italiano Anastasio Cocco (1799-1854). A continuación, en la segunda mitad del siglo XIX y principios del XX, científicos de toda Europa comenzaron a visitar Messina para sus estudios. Muchos de ellos provenían de las universidades alemanas porque la biología marina estaba limitada en ese país. La costa alemana es corta y tiene una fauna mucho menos diversa que el Mediterráneo. También es relativamente sombrío. Fue el zoólogo alemán August David Krohn quien definió por primera vez el estrecho de Messina como el "paraíso del zoólogo". La investigación se intensificó en 1872 cuando Anton Dohrn estableció la Stazione Zoologica en Nápoles, a siete días de viaje desde Berlín y dos en barco hasta Messina. La investigación se centró inicialmente en taxonomía , anatomía de invertebrados y biogeografía , pero pronto abarcó temas más fundamentales, especialmente embriología , embriología comparada y evolución . Entre los científicos de Messina se encontraban August David Krohn , Eduard Rüppell , Johannes Peter Müller , Carl Friedrich Wilhelm Claus , Albert von Kölliker , Carl Gegenbaur , Ernst Haeckel , Wilhelm Moritz Keferstein , Ilya Ilyich Mechnikov , Richard Hertwig y su hermano Oskar , y Hermann Fol . La Universidad de Messina sigue siendo hoy un prestigioso centro de investigación en zoología marina a nivel internacional.
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