En 1803 , en respuesta a la restitución de las Molucas a los holandeses según el Tratado de Amiens de 1802, Lord Wellesley , Gobernador General de la India , decidió el reasentamiento de la isla de Balambangan y encargó a RJ Farquhar , residente británico en Amboina para la Compañía Británica de las Indias Orientales (EIC), que dirigiera la expedición.
Farquhar restableció el asentamiento de Balambangan a fines de septiembre de 1803. La reanudación de la guerra con Francia llevó a la EIC a abandonar la isla en 1805.
El HCS Mornington , bajo el mando del capitán WJ Hamilton, un balandro de 22 cañones perteneciente a la Bombay Marine, el brazo naval de la EIC, fue el único buque de guerra de la expedición .